劳动合同问题

律师您好，我是刚毕业的学生，在一家公司五月份上班，八月底辞职了，公司七月底让签的劳动合同，但是两份都一直在公司手里，之前的工资都没有扣五险一金，九月份发八月份等工资的时候，却扣了我八百多块钱的保险（其中养老535元，医疗148元，失业59元，大病救助50元和生育工伤），公司说是八月份我辞职了，公司应当负责的三分之二也应该我自己承担，这样做有依据吗，当初劳动合同上也没写啊，我是按照公司正常程序辞职的啊。同时还有两个疑问：
1两份合同都在公司手里面（当时签的时候人事方面的人说要拿回公司总部盖章就都拿走了），如果仲裁的话对我有没有影响，
2这好几部分的钱分别都去了什么账户，我该怎样去查是否交上了
请逐一回答，谢谢您