民间借贷诉讼时效问题

本人2014年7月与一家房地产开发公司签订借款协议，借期一年。可到2015年7月该公司无力偿还本金及利息，经我与该公司协商减免部分利息后，于2015年12年重新签订借款协议，借期为2014年9月至2015年9月，该公司答应我2016年初偿还借款协议中的本金及利息，其余利息再行协商。但直至今日该公司也未偿还任何金额，我曾于2016年至今多次上门催要，电话催要，但是没有留下证据。当我近日再次催要时，该公司告知我已经过了两年诉讼时效。同时得知公安机关早已开始登记该公司非法集资的问题，我已与经侦支队取得联系，支队说可以再去登记。请问:1.我这种情况适用新法的三年诉讼时效吗？2.我现在应该去法院起诉该公司还是去公安机关登记？