关于学校签订协议产生的纠纷

我是重庆电子工程职业学院的一名学生，去年学校组织学生出去实习，在实习期间同我们学生签订了一份关与专业培训的协议，告诉我们回学校回组织办培训班，培训费4000元。到时候参加的就交费用。回学校开了培训班，在辅导员处报名参加培训，班上有4个同学并未参加培训班，学校将此费用纳入学费中，不缴纳就不能毕业。根据协议第三部分第一条规定，收费标准4200元，其中200为报名费。此费用是指学生参加圣德士职教模式就读富士康定向班的报名费及所发生的培训费、岗位实习费、管理费、就业安置费等费用，不包含学校每年的正常收费。当初学院在8月份来深圳的时候也向我们承诺过，费用与实习以及学费都是独立的，并不会有冲突，回学院后，我们个别学生从未参加学院组织的培训，也从未去上培训课。现在办理提前就业的时候，学院将学费，4000元培训费以及毕业证全部纳入在一起，要求我们必须完清才能办毕业手续，请问一下，学校做法是否合理，我们应当如何维护自身的利益。