农村房屋买卖协议问题

律师朋友你们好！在这里想咨询个问题，是这样的，我在我们市（我家以前是宜昌市夷陵区雾渡河镇大庙村村民，由于交通不方便，不利于发展，08年经亲戚介绍在宜昌枝江市白洋镇雅畈村买了一旧房子，然后搬家到了枝江这边来了）的另外一个县买了一农户的两间两层旧房，这房子没有房产证，只有宅基地使用证，当时买的时候后双方签订了协议，当地村委会干部都在场一同签的这个协议，不过协议上面只有甲乙双方的签字，没有在场的证人签字，当时对这方面不太懂，宅基地使用证在我手上，证上面的名字还是，当时没有过户。他的田地也随协议都给了我，不知道这个协议有没有法律效应，搬家过来的这几年总是怕会出现纠纷，因为我这个地方以后要建工业园要征地，我这种情况又会出现什么问题呢？还有一个问题就是最近比较恼火的，就是买的这个房子是旧房，二十几年了都，今年打算拆了重建，原来是两间现在想重建成三间的，在批手续的时候就遇到问题了，因为我不是本村户口，宅基地使用权没办法过到我的名下，把户口转过来吧现按在的政策又不给转，说要从办理居住证满五年的才可以转，去年才办的居住证，这房子还是要做啊，我又咨询当地的土管局我这种情况房子重建要怎么办，他们的回复说让我拿着原来的房子宅基地使用证去批手续，等于还按原来买房人的名义去批手续，那样一来我做了新房以后有纠纷的话我能不能得到法律的保护呢，我对这方面都不了解所以在这里肯请大家帮忙看看，先谢谢了！