我提出辞职公司要我还钱，我该怎么办？

我2012年5月5日进入公司，做一名普通的门窗加工工人，试用期工资2600元人民币（没有交五险一金），且没有签劳动合同，4个月后，即2012年9月15日转正，转正工资为2600元人民币（交五险一金）。期间劳动合同经部门经理发到我的手上，但公司却没有签字和盖章，所以我也没有签字，合同就一直由我保管。2013年2月20日，我经过深思熟虑后决定辞职，可是当我向公司提出申请并办手续时，人事部经理却说我还差公司的钱，当时我非常的吃惊，人事经理要求我还清公司的钱才能办离职手续。具体情况是：
2012年5月份公司阳光花园三期门窗工程启动，当时公司并没有具体针对我们的提成方案，只是让我们先加工门窗，公司会尽快派人来工厂和我们洽谈具体的提成方案，可是公司却迟迟没有派人下来，直到年中会上直接宣布了方案，大概是：门窗加工每平方35元，门窗副框5元每个，栏杆8元每米，实行“3 3”制原则，当时大家都不同意，但是我们已经做了3个月，不可能不做，加上我们部门经理又向我们承诺会向公司争取，所以我们又继续加工，但是这件事直到工程结速都没有实质性的进展。从2012年5月份到2013年2月6日，我们为了赶上工期加了很多班，
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2月至2月6日 早上8点到18:00 早上8点到18:00 早上8点到18:00 早上8点到18:00 早上8点到18:00 早上8点到18:00 早上8点到18:00
期间国庆节放三天30,1,2三天，元旦放一天。
年终我拿了税钱11200元人民币的工程奖金（这里面包含加班费，应为公司没有给我们算加班费）。可是当我去辞职时公司说我拿的工程奖金中有三分之二是公司预发给我的，要从我2013年的奖金里面扣，如果我现在离开公司就要马上退那三分之二的钱，否则不办离职手续。但是我觉得我的劳动完全对得起我拿的报酬，所以我不同意退还，但是我有不得不办离职手续，所以我只有向法律求助了。
三分之二的由来：工程款中扣除每月的工资、五险一金、劳保用品、住宿、工地上的生活费，最后剩90540元，乘三分之二就是60350元。