无工商执照纳税是否合法经营

本人于04年注册经营个体户，09年3年接到公司开户所在银行通知去办理销户手续，原因是银行核实我所经营的个体户公司因未年检已被工商注销。同时09年3月办理了税务登记证注销手续。
现被告上法庭，原因是有一朋友于08年7月入股两万，公司09年3月关门时退还其现金一万及部分债权和固定资产，该朋友以两万元全系债务为由将我告上法庭，出未的证据是其找工商开具的证明（其中写明我公司因为年检于05年8月已被注销）。
法官说我所经营的个体户于朋友入股之前被注销，此两万元即明为入股实为借贷，须退还剩余一万元现金。
我想咨询一下，我公司一直按章纳税至09年3月，且不知情工商执照注销的事情，收的股金是否合法？