学校违法建筑是不是就可以不拆

情况是这样的：
学校出地皮个人出钱盖的商铺对外出租，在2012年市里违章建筑排查是给确定为违法建设，因此还封过3个月门（用木板封的），打开后营业了一个月，用封里1个月也是用木板封的，现在有打开了。
问题出现了：关门的我的门头啥的都被房东拆除，现在不但不补偿商户损失，并且要涨房租1平方涨12元。
通过几次沟通了解到出钱的房东是想把商户们逼走，房子交给学校使用这样违法的建筑就能成为合法的。并且他把房子给学校后学校给他钱还弥补他盖房的损失。并明确说交不了就走人，投的钱配了活该！学校说要就的要，学校说合法就合法。学校用房子砸都合法。
我们租房的时候出钱的房东没有告知的违法的房子，还信誓旦旦的说和学校及二十多年的合同，你们放心用吧！我们这的商户在接房子的是都投入5万以上！有的才开半年。还不算转让费给上任商户（按房东的说法是装修的钱）


我有这么几个问题想咨询下老师们：
1、本来违法的建筑，学校用的就会变成合法的。
2、房东这样的做法可取吗？我们改怎么办？
3、就想他说的那样，我们这些商户就得认倒霉吗？
4、现在合同是没到期，如果到期后怎么办，我们就得乖乖的走人吗？