离职后公司未及时停社保，全额从我工资里扣。以及劳动合同不明确的问题

我按照正常程序提前一个月于本年6月14日向公司提出辞职，得到批准，7月15日正式离职，公司规定是每月30号结发上月工资，今天收到工资，6,7月份两个月的工资加起来被扣了将近2000，原因是公司在我离职后未及时停掉社保，即8月份的社保仍旧给我交了，所以要从我的工资里全数扣除，但是这个事件上我完全没有任何责任，这个钱公司是否能扣？
还有个情况就是我刚入职的时候公司说一个月的试用期，试用期之后开始交社保，也签了劳动合同，但是事实是，三个月以后才给我交的社保，而且当时合同也没有给我一份，两份都是在公司手里，后来我去要，公司又以合同丢了为由要我重新签一份，我看要我重新签的那一份和之前的那份比起来很多内容都改的很不平等，就没签，然后之后公司也再没找过我，一直到我现在离职。
这两个情况结合起来看的话，我有没有可能去申请劳动仲裁要回我被扣的那部分工资，或者说能不能问公司申请双倍工资？