关于提前离职与合同中规定的违约金问题

律师您好，感谢您关注我的问题，我的情况大概是这样的：
    我在一家IT公司上班，刚入公司时，签订了一份3年的劳动合同，合同到期后我又续签了3年。目前续签的时间刚过了不到2年，我因个人发展问题想离职换单位，所以已经向公司提交了离职申请(提前30天申请离职)，公司也已经同意。但是公司告诉我，需按合同中规定，支付月薪的3倍(大概要我支付2W左右的费用)作为违约金。
    关于违约金，我现在的公司有以下几个举措：
    1、每个月发放月薪的3/4，如果员工没有提前离职，则会在年底的时候发放剩余的部分，我目前被单位扣着不到1W5的工资。如果员工提前离职，则会用之前扣押的钱作为违约金，不够的需补上。
    2、在公司的劳动合同中，有一个附加的《公司商务及技术保密合同协定》，协定中这样写到“甲乙双方约定，乙方在甲方实习培训期间，甲方在公司内部对乙方进行专项培训，并给乙方提供相应的工资待遇；乙方通过实习培训期成为公司正式员工后，甲方在发给乙方的工资待遇中包含了乙方遵守本商务及技术保密合同协定的补偿费用。”
    
    我目前的疑惑是这样：
    1、首先，公司让我交纳违约金的行为，是否合法？我在北京，不知道北京有没有地方性的劳动合同法规。
    2、其次，如果说到培训，我在公司任职期间，参加过一次培训，不过不是专业技能的培训，而是公司为了帮助合作伙伴推广产品，让我们去参加的产品培训，而这个产品，我在以后的公司中是绝对不可能会用到的，所以我认为这不属于专业技术培训。不知道我的判断是否正确？如果错误的话，我是不是也只是应该支付此次培训的费用。
    3、我因为还未正式到下一个公司任职，所以担心如果我与现在的公司进行劳动仲裁的话，公司可能会故意做出扣押我的社保资料或不开具离职证明等行为影响我离职。所以请问各位律师，我如果先缴纳违约金，然后等公司办完我的离职手续后，再申请仲裁，不知道可以么？

   最后，感谢您的回答，十分感谢。