关于自建房屋的法律问题，自占地、城管与政府等关键词

我家是于1997年自建的，那块地在半山，有土地使用证明，没有房产证。
当时是建起相当于两层吧，或者算是前后各一间，后面是居住的前面是放工具和各种设备用的。后面的房子比前面的高4~5米（后面的房子门口的阳台就是前面房子的屋顶）

我爸在08年把前面的房子拆了想重建，因为下面的设计不合理不能住人，还有后面的房子（就是现住的）有漏水裂墙情况。

拆了之后，却遭到城管的阻拦，说不许乱建。

于是搁置了很久（然而附近在这几年频频建起各种房屋也没见阻拦）

然后今年打印了几份“申请书”给政府，城管，和居委会。说明了种种情况，各个部门没有明确表示，于是建起来了。

然而最近又听到城管之类的声音，国土局什么的，今天来了还说什么卫星拍照的话就是政府的事了。

我不懂这些，请问我们家是确确实实违法了吗？
若我们想合法需要办哪些手续？


感谢律师的无私帮助，衷心感谢。