被拆迁店面只有购房合同没有双证怎么办？

我于2002年在镇农贸市场买了一店面，面积是51.2平米。不知什么原因，我们一接店面后就听说要拆掉重建，开发商也一直没帮我们办房产证和土地证。2008年2月份的时候的时候，政府和另外一开发商要我们去签了拆迁合同，合同上注明原位置原面积补偿我们店面，当时没说办产权的事。09年1月份，店面做好了，可位置变了，面积也小了8.9平米，跟开发商交涉开发商口头答应按市场价补给我们面积差，但位置变不了。后来多次追问，开发商又说等产证下来了再补钱给我，一直拖到今年8月份，产证和土地证是办下来了，可开发商拿张结算清单给我和老公一看，我们傻眼了，办产证花了3万6千多元，我们8.9平米店面只算3万9千多元。扣掉办证的钱他只要补给我们3千块钱。而开发商卖出的店面均价是1万元。我觉得自己的权利被侵害了，可又不知我们究竟要怎样去跟财大气粗的开发商谈。麻烦知情人告诉我，象我这种情况办证得花多少钱，我要怎么维权？