租车公司对保险公司对事故赔偿多

请问我在租车公司租了一辆轿车。两个月以后发生了一起事故，车是有全险的。当时我就通知了租车公司和保险公司，我也跟租车公司经理协商了可以不用去本车凯美瑞的4S修理，在本地一家其他品牌4S店修。保险公司定损定了3万元。但实际修车最后只需要支付1万5千元左右。后来我去租车公司询问保险公司赔付款是打在你们公司卡上还是打在我的卡上。租车公司说这钱是我们出具证明和账号打入本公司账户。在我把修理费用1万5千元修理费付完后，我去找他们公司开证明和银行账户号。那时他给我看了我在签字时他没有提醒的背后有一段这样的租车条约，乙方承担超出保险公司赔偿金额以外的损失费用和理赔事项以外的费用。理赔后若有余款，应当为甲方所有、（就是说3万多出的一万五不会退还乙方，应当为甲方所有）后面还有一句已方还需要承担修理费用的百分之40的汽车折损费，（说，车撞以后卖出去的价格肯定不会跟以前一样。所以要收取一定的折旧费）请问这样做租车公司合法吗？