这样的违约金有效吗？

事情是这样的：今年4月5号，单位派我们一行8人到集团在比利时的子公司接受培训，所谓的培训就是到车间参观，自己看，自己学，并没有第三方培训机构做专门的培训，为期半个月，到4月20号就坐飞机返回，培训成本主要是机票和住宿费。在比利时培训时，公司拿出一份培训合同让我们签，要求我们培训后继续服务3年，否则要赔偿相应违约金3万元。这个培训合同在去比利之前也没有事前说明，在签约时也胁迫说，如果不签，就自己回去。就只好签了。
   我于7月15号，以书面的形式申请辞职。但辞职理由我没有如实说明。辞职单部门经理也已经与7月25号签字同意了，但办到人力资源部时，人力资源部经理要我先交违约金，否则就不给我办任何手续。事情就这样被拖住了。到7月31号时，我请了半个月的假，于8月5号到一家新的公司签了劳动合同，并劳动了12天左右。事假满后，我于8月16号回公司办手续，人力资源部经理仍要我先交违约金，否则就不给我办任何手续。并且，在我和公司劳动没有解除（应该算8月21号正式离职）时，公司还扣了我半个月工资未发。
   我想问下，这个培训合同合法吗？如果我辞职，公司能以这个为理由要求我赔钱吗？
还有，我与公司签的劳动合同，上面规定了劳动时间是一天8小时，一周40个小时，但实际上我是每天公所至少9个小时，有时是12个小时，每周工作6天，我辞职的时候能要求加班工资吗？
综上所述， 我现在想问下：我现在的劳动关系应该是解除了吧？这个培训协议有效吗？我能起诉他这个协议是胁迫我签的吗？ 如果，采取额劳动仲裁，需要注意什么？需要收集什么证据？