关于上海社保的纠纷

您好，有下面的困惑，可以帮忙解释吗？
具体情况如下:
我2007/11之前在上海分公司工作，12月份之后转到日本分公司。
12月份之前在上海领工资，上海分公司负责缴纳上海保险。12月份之后从日本分公司领工资，在日本交日本的保险。
因为想保持上海社保的延续性，所以当时和上海分公司口头商定，
按照上海的社保的最低标准我们自费缴纳，公司帮忙代缴（因为上海分公司不再发工资，我们也不为上海分公司服务，所以自费缴纳(个人部分和公司部分)）。
问题出在08年10月份，上海分公司被上海社保审查出
以前少给员工缴了保险。
社保局让上海分公司把08年4月份以后少缴部分全部补缴。
然后公司在没有征询我们意见的情况下(当初口头约定是按最低标准帮我们代缴)，
把我们的也补缴纳了，数额将近2万5。
现在公司要我们出这笔钱。
公说公有理，婆说婆有理，现在说不清楚了。
 
我的问题是:
1,　这笔额外的钱让我们出合理吗？
2，在当时的情况下，公司是不是可以不补缴我们的那部分？比如做停薪留职或者辞职处理？
3，有没有办法可以把公司补缴的那些钱退回来？也许这是最好的结果，公司没有损失，我们也不用损失。