已入住的房屋，只有购房协议，没有签订正式合同，现在开发商破产，我应该如何办理产权？

据你所述，可以请求政府部门帮助办理。

开发商实际上有协助履行合同的义务，如果你已经支付了房屋的对价，该房屋开发商又没有设定他项权利，更没有将该房屋过户给第三人，那么尽管开发商破产了，他依然应当走破产程序。以开发商为被告，请求将房屋所有权转让给你。

可以到房管局办理的

向法院起诉

在没有任何纠纷的情况下可以单独去房管局办理，否则，应起诉到法院处理。