如何变更“劳动合同变更协议”中的部门内容

人司于3月15日与一员工签订一份劳动合同变更协议，内容如下：
经双方平等友好协商，同意变更甲、乙双方于 2012年04月01日签订的《劳动合同》中的部分内容，具体变更内容如下：
1、第二条一项变更为：乙方的工作内容：乙方的岗位为 市场部市场助理经理 岗，公司内部职位为助理，乙方的公司内部职位可因公司规定的变化而进行调整。
2、第四条一项变更为：固定工资：甲方经与乙方协商，乙方每月固定工资为税前人民币2,500元。

现因公司架构调整，该员工的所属部门发和变化，但薪酬不变。请问律师，公司如何操作，谢谢！