这样的协议合理吗？面对无良公司，我该怎么办？

我是中建二局（沪）的自有员工，当时在学校和公司签了5年的合同，合同约定试用期1年，2013年7月21日开始生效。14年6月25日，我准备辞职，并且已经办理了项目部的离职会签手续，因为是自有员工我还需要去上海总公司办理离职手续。但是，公司现在要求我付违约金6000元，违约金是依据当时新生入职时签订的协议收取的，协议规定新生参加入职培训(类似军训，还有各部门领导指导演说，未涉及专业技能培训)并在事后辞职必须支付6000元。这种做法合理吗？我虽然签字了，是不是无效协议？
如果他一定要收取，我可以通过哪些措施抵消这些费用？因为是施工单位，我从7月28日分配到项目，到辞职前，当初劳动合同规定的休假根本没有，周六周日都上班，法定假日无休，加班费也未支付。