这样向公司借款有风险吗

有点怪，没法猜。
但是这种操作方式你朋友有风险。
他给乙写了借条确认是向乙借款，正常情况下，乙可凭该借据向他主张要求还钱。
同时公司财务转帐给他30000元，虽然没有签手续，但转账记录可证明公司给他钱了，如果是工程预付款，将来公司要他提供款项用途，他无法证明用于公司，还是有还款义务。
    当然，这只是一种可能。

你好，我认为其中的风险在于：1，乙本人借给你朋友了30000元；2、公司支付了工程预付款3000元。虽然对方支付了30000元，可是你朋友相当于收到了60000元的款项，支付和收到并不一致。不知你看明白了吗

根据你的描述，你就支付了6万元。

有风险。