生效的调解书时间已经超过二年，股东是否有权申请复议

如果确实侵害到股东利益，并且有确切证据可以要求再审，再审没有时间限制

我国民诉法第一百八十二条规定：“当事人对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律规定的，可以申请再审。经人民法院审查属实的，应当再审”。
如你和公司间达成的调解书没有违反自愿原则，调解协议内容亦不违反法律规定的，对方是不可以申请再审的。