经济纠纷

本项目自2010年底由李先生和万先生二人开始筹划，最后二人决定将厂址设在四川西昌太和工业区附近（因原料供应的便利，故将厂址设在此地），于2011年6月初开始实施自建厂房，自2011年6月初开始，由李先生和万先生开始在太和工业区附近的一块空地（托熟人关系找到的一块地，大概五亩多的一块空地）开始自建厂房（在建厂之初有邀请两位小股东各投资10万入股），于2011年10月左右厂房建成，工厂建成后发现用于周转的流动资金短缺，几个人商议请人入伙，出资入股。
当时在自建厂房时，其中两位大股东各出资55万，各占股26.7%的股份，有一位小股东出资10万，占股5%，另一位小股东出资10万，占股4.4%，抛出去13%的干股给另两位小股东，没有实际投资（没投本金），用于工厂在当地的关系打点，盈利后分红，若亏损，不用承担经营期间的亏损，当时请另一位股东（叶小姐）入伙时，投入的50万，占股22%，后来于2012年3月份时其中一位大股东出售他私人当时多投入的股份2.2%给这位股东，合计该股东（叶小姐）总投资55万，占股24.2%。
当时在2012年6月份时，其中的一位股东（叶小姐）发现工厂难以注册下来，曾强烈的提出退股，但是因工厂没有资金，当时大股东李先生说的是退股让她自行找人来收购她的股份，不同意直接退股及退回她相关的股资款。2013年8月份时，该股东（叶小姐）曾再一次强烈要求退股，但是两位大股东均不同意退股及退回相关的投资款。
现出现的状况和纠纷如下：当时因自建厂房时，托熟人找的那块地因未签署租赁合同及未拿到能使用多长时间的相关证明文件，于2013年12月时那块空地原业主（太和铁矿）需用到这块地，而当时在建厂之前没有拿到相关的关于土地有效期使用年限的文件，该业主现在无偿拿回那块地用于自用，厂房现在被推倒了，没有任何赔偿。现在的纠纷是：当初在自建厂房时，因相关的合法使用手续未拿到（未签署土地使用年限证明），导致自建厂房的投入金额100万左右，直接损失掉了，设备低价卖出了，工厂在2011年至2014年存续期间，没有直接的亏损，经营期间因利润良好，帐面上没有亏损，最大的亏损是厂房及设备上亏损了120万的样子。因后加入的股东未参于直接经营，厂址不是她本人选于选的，该股东不想承担因选址不当而导致的这些亏损。
而其中两大股东（万先生和李先生）认为参股了，就要承担相应的风险及亏损，同时将总投资款虚拟放大至注册资本额227.27万来算总资本，现在工厂残值为：61万左右（含应收货款及设备转让款，均已回收到位）。将亏损额按166万算，同时按占股比例分摊抛出去的两位股东所占的股份13%应该承担的亏损，两大股东（李先生和万先生）认为应按余值和各股东占股比例来分配各股东能收回多少投资额。该方案其他股东（叶小姐）不认同，认为她没有参于厂房的选址，同时在入股时有签署相关的合作协议（其中协议上有一条为：合作期限为五年，自工厂注册之日起算，但是工厂一直未能注册，当时该股东对于厂房的地址有提出过疑议，建在他人的地基上，没拿到相关的文件，有提出过担心和质疑，故合同上有体现这一点，同时合作协议上有写明需所有股东签字后，该合作协议才算生效，现有合同上仅有三位股东签字，其余三位股东没有签字）。
请帮忙分析，此案相关的解决方法及各股东应回收多少投资款，谢谢！