怎么办才不会陷入风险中，才能办理住房两证？

2007年4月购买湖北会友房地产开发有限公司开发的武湖超市商住楼商品房，地址在武汉市黄陂区武湖，钱款已经付清，当时只签了合同，交付钥匙，出具了付款收据。到现在已经七年了，可是商品房两证至今尚未办理。
    我在武汉住房保障和房管局，以及黄陂国土规划局查询确定该项目已经于2013年10月完成了土地确权手续，2014年9月也完成了土地证分割，目前此楼盘法律手续齐全。但个人手上办证还有好多材料没有，比如登记申请表，购房发票等等！！造成无法办理。
    为此我今年多次去他们公司实地和电话联系老板，但大门紧锁，电话不是没人接就是欠费停机，现在处于失联状态。
    并且从侧面了解到他们公司目前经营困难，负债很多，并且商住楼商用部分已经处于法院查封状态。形式对我们这种没办两证的居民业主非常不利，随时有意外风险产生。并且购房合同没有在房管局备案！
请问如何办理两证。