购买了经济适用房，以后就不能再购买商品房吗？国家是在哪一年出台的政策，有明文规定吗？

我是芗城区户口，在2007年底合法申请购买到一套90平方米以下的经济适用房，其中60平方米属于政府优惠房，29.9平方米属于自购商品房，首付款30%，其余向银行申请按揭贷款。到今年，本人通过支取公积金方式提前还清剩余的银行借款并想取回被抵押的两证，但是发现该房两证还未办理，银行抵押的只是相关合同和首付款发票等。之后，在行政中心窗口办理相关证件时被告知两证不能办理，需要住房保障办提供相关证明。拒办理由是：该户在2009年又购买了一套二手房商品房。
    事情经过：因解决小孩学龄前读书问题以及考虑到大人上下班交通方便的问题，在2009年，通过向亲戚借款和银行贷款又购买了一套84平方米的二手商品房房，因受当时国际次贷金融危机影响，中国房产及经济也收到波及，本人在购买这一套二手房时还享受降低首付款比例和贷款优惠政策。请问当时这种情况下购房算违反国家政策吗？如果政策规定购买经济适用房就不能购买商品房，那么本人购买二手商品房在办理相关手续时，为什么没有被制止或被告知？有没有政策明文规定够买经济适用房就不能购买商品房的文件呢？难道买了经济适用房就不能再买商品房，就不能再改善住房条件吗？请问我这一套经济适用现在到底可不可以合法办理两证？下一步应当怎么做？如果没有违规，那么，本人应当怎么去维护自身的合法权利？