一纸委托代理合同引发的经济纠纷

本案例的当事双方为一家有限公司和一家个体工商户，两家自2002年开始至今都为合作伙伴关系，甲方一直都是乙方的供货商。为了表述方便，以下表述采用甲方（有限公司）、乙方（个体工商户）方式。
    2014年7月，甲方、乙方和另一家有限公司一起参加一次政府招标采购，最终乙方竞得这批商品采购合同。由于中标报价过低，所能获取的利润微薄，加之乙方是个体工商户按小规模纳税人纳税，如果操作不当面临着亏本风险。经甲方提议，双方协商决定由甲方代理乙方签订这份合同，然后由甲方开具发票可以按一般纳税人纳税，税费成本由甲方财务结算后由乙方支付给甲方，这样可以在法律允许范围内达到合理避税。乙方想想与甲方都合作过十多年了，而且本次中标商品也是由甲方批发给乙方，应该不会出问题。就决定委托甲方签下合同，而且也没有与甲方签订委托合同。中标的合同签订后，合同原件由乙方保管。
一切都按合同约定顺利进行，可到采购方将货款打入甲方账户后，甲方就一直以各种理由拖着不把货款的利润部分（乙方向甲方预先支付的进货成本部分已经打给乙方）结算给乙方。甲方给出的理由是财务要求乙方把合同原件交给甲方才能结算，而乙方则认为财务结算只凭发票结算，不需要合同原件，而且合同是委托甲方代签的，原本就不属于甲方。
    拖了好几个月后甲方财务应甲方公司负责人要求终于结算出税费，是按小规模纳税人的结算方式计算的，计算出的税费比一般纳税人计算方式所得税费高出很多，超出本次中标合同所获毛利部分50%以上，导致乙方扣除搬运费等费用后几无剩余。由于没有按照之前的约定按照公司一般纳税人的方式结算，乙方不同意。至今本次纠纷依然没能得到妥善解决，而且遥遥无期。
     希望能得到专业人员帮忙解释：1、甲方财务结算到底需不需要合同原件？2、甲方开具发票按一般纳税人资格交税，结算乙方的税费成本选择小规模纳税人方式结算，合理合法吗？