运营资金被股东吞了

在14年9月初决定入股朋友店铺，当时口头交谈对方（称为甲）报价是2万元购买10%的股份，我（称为乙）决定购买25%的股份，价格是5万元。后来月底签订合同时，合同上写的是3万元购买25%的股份，另外2万元是作为投入的运营资金。当时我不太懂何谓运营资金，甲方随便解释了2句，我也就没有再管了。
当时甲方店铺的账面上有1万元的现金，加上这2万元的运营资金，一共就是3万元。在后期几个月的运作中，截止12月中，账面金额是17000元。
因当时有另外一个人（称为丙）打算入股我们的店铺。决定在甲手上购买25%，在我乙手上购买5%。甲方说我和她先把账面现金全部分了，然后在和丙重新签订新合同，大家再重新按照比例投运营资金。当时账面上的17000元，按照我25%的比例，我就分到了4250元，甲方分了12750元。
后来新合同出了，甲方拟定需要的运营资金是2万元，按照所占股份比例，她投入了1万元，丙投入了6千元，我乙方投入了4千元。（这时我已卖了5%的股份给丙方，就只占20%）
事后我想了很久，当初投入的那2万元运营资金怎么就不见了呢?这次丙方也是购买了她25%的股份，她怎么才让对方投6千元的运营资金呢?当初说好的5万元买25%的股份，最后完成了3万元购买25%的股份，我的股价被莫名的拉低了，那投入的2万元运营资金也是不退还的，等于我莫名的就亏了2万。
问过甲方，当初她让我投入2万元的运营资金，是怎么算来的。她说她核算出的金额就是8万，按照比例我就该出2万。但甲方也并未按照她所占的比例出钱啊，就只有她当时店铺上的余额1万元现金。但最后分钱的时候，她却分走了大部分的钱，变成了她自己一个人赚钱，我一个人在亏钱，这肯定是不合理的。
我认为，在我当初投入了2万元的运营资金基础上，她按照比例应该投入6万元，但只投入了1万元。剩余5万应该补齐，和后面我们的余额17000元加在一起，再来按照比例分钱，那甲方就应该在补给我12500元。不知道我这样的算法对不对。
我不知道甲方是否同意退钱给我，我应该采用什么样的方式去进行洽谈呢?或者采取如何的手段? 希望得到解答。
这是父母的血汗钱，我真的不希望不明不白的亏在我手里。
如果真的是亏了，我认了。而不是我亏钱，她却赚钱的道理。这哪里是合伙人呢。
只怪我一时大意，现在新合同也签了，当时她让分钱的时候也分了，麻烦给个办法，非常感谢!!!