上海经济适用房办产证前更改上证者的名字

前段时间成功办理了经济适用房，房子已到手，今天开发商通知可以办产证了，原本是上我和我父亲的名字，我们两名下都没有房产，但由于我母亲名下有房产，开发商说办产证是按家庭为单位征税，结果我莫名其妙就变成了二套房，需要多交不少税。
我想问经适房的税点是这样计算的吗？如果是，那我现在只上我的名字，取消父亲的名字，需要如何更改，开发商可以以嫌麻烦来拒绝吗？因为当初决定上产证成员时我们问过是否按一套房办理，工作人员告知说是按一套房来的，结果现在按二套房来办理，我是不情愿的，这给我们直接造成了经济损失。