承包方跟发包方的债务由承包方的下属项目部承担，合理吗？

请问：我跟别人合伙做一个工程，合伙人是正规的项目经理，有中标通知书等手续，后来这个项目分给三个分包做，其中有我们一个（称甲），另外两个都是发包方找人做的，但是其中一个分包（称乙）跟承包方与发包方关系当时都比较好，开工的时候都交了农民工保证金，在施工过程中，承包方给乙方担保了钢材款，并与发包方做好了手续，由发包方在付款时扣除，后来工程结束，乙方做亏跑了，当时的扣款也没有扣，等到退农民工保证金时，承包方直接把农民工保证金扣下来了，发包方就把这笔钱算到甲方头上，认为几家都是承包方公司的，反正钱被承包方拿去了，刚好甲方要付工程款就直接扣除，甲方找承包方，承包方说他跟发包方完善了手续，也没有拿甲方的工程款，甲方应找发包方要，请问甲方应该怎么办？ （注：甲方是承包方的正规项目经理，而且这个项目中标的就是甲方，另外两个都是私人挂靠的。）