漏洞百出的欠条，我败诉了

2011年8月11日我和朋友开了家公司，9月份朋友介绍了个代账会计，谈好一年代账6000元工资。半年后由于朋友撤资，公司歇业了，半年工资已付清。但会计说要拿我的营业执照和法人章去工商税务那办事，我没追问把东西都给了她。过了段时间，她回复我公司满一年才能注销，还是要做账的，由于母亲癌症复发，我一直没过问。半年过去了，想想不对，公司没有业务，没有收入和支出还要做什么账，我问她要回营业执照和公章，她说先要支付她工资和注销营业执照的费用，才肯归还，不然拿营业执照和公章做出什么问题，要我自己看着办。由于母亲快不行了，家里又急需用钱，她逼着我打欠条，我拿不出钱，我怕她弄出什么问题，所以一时打出欠条。
    现在被告上法庭，她既然以她借5000元给我开公司为由胜诉了，我跟法官说了她扣留营业执照和公章威逼我写下欠条，而且我根本不认识她，见面不超过3次，怎么可能借钱给我开公司，法官回复欠条就是证据。里面前这么多疑点，法官又不重视，苦不堪言。由于我一直没偿还，执行庭警告我，你再不还，我拘留你，并罚款3000元，逼不得已签了执行和解协议，并让他偿还我的营业执照和公章。
    回到家查阅了有关法律知识，看到员工拿别人营业执照和公章去签署合同、贷款等等行为，我很后怕。我要不要报警（执行法官说你报警没用，现在你找律师也没用），我查到营业执照她并没有帮我注销。我很后怕，怕她拿我营业执照和公章做违法的事情，我要承担连带责任。
    麻烦各位大律师，我现在该怎么办，要不要以敲诈勒索罪名报警。而且我现在和同学注册公司，我做不了法人。。。。我能不能追回我的损失，追究她的责任，我必须要偿还她的债务吗？如果起诉她，我有机会胜诉吗？
    有点长，请体谅！