房屋土地纠纷

我于96年从甲方购得三间房屋，同时拥有甲方的房屋所有权证和土地使用证，双方签订协议画押，其中协议中说明：房屋出卖后其产权变更手续由一方负责办理，之后我就开始办理‘声请审批书’和‘买卖契约’得到了政府机关的批准，把所有的证书都过到了自己的门下。现在甲方对我说：国家规定：任何组织和个人不得侵占，买卖或者以其他形式非法转让土地，土地的使用权可以依照法律的规定转让。甲方声称他并没有在‘买卖契约’和‘声请审批书’中签字，由于时间长了，我不太记得是谁签的，但是证书都已经办理了。现在甲方说之前协议无效，要摧毁协议。并且我的证书都是无效的不受法律保护。您说我与甲方的买卖属于非法转让土地吗？我的证书受法律保护吗？如果‘申请审批书’和‘买卖契约’不是甲方签的字，我的证书还有法律效益吗？ 
还有，买卖有个诉讼时效是怎么回事？