咨询关于辞职和人事档案调动的问题

本人是2007年来到泉州的一所民办高校参加工作。现在因为考博升学的原因要辞职和调动档案，遇到了一些问题。
1.2007年参加工作时，签了五年的劳动合同，现在考博成功，于今年五月份向学校提出辞职申请（书面）。但学校主管人事的领导以今年三月底学校自行出台的一份校内文件为由，拒不批准我的辞职申请。这份校内文件规定的是：如果辞职必须于学期结束两个月前递交辞职报告。否则一律不让辞职。我们这学期是6月30号放假，也就是4月30号及其以前递交辞职报告才可以批准。学校说现在不批准，要到学期结束后再说，批不批也不一定，就算批也要罚几千块钱的款。我感觉很霸道。不知道这种情况学校的做法合不合法？还有我应该怎么应对？
2.我所工作的这所民办高校没有人事档案管理权，但2007年招聘我们时却对外宣布的有人事管理权。一直到2008年10月份学校的许多青年老师才发现这个问题，因为档案没有给我们放到人才中心，而是学校自己拿着。经过我们好多人的集体抗议和争取。校方迫于压力才给我们联系了一下我们这里的人才服务中心，于2008年12月份开始将档案交由市人才中心管理，但是人事代理合同是我们个人单独签的。档案的人事代理费用也是我们自己交，一月几十块钱。我今年参加了博士生考试，并已拟录取，把调档函也给我了。因为只有档案掉过去，才能正式发录取通知书。可是单位却不批辞职，不办调档手续。我很气愤。人事代理合同是自己签的，代理费用也是自己交的，现在有调档函，却不能调档。我想问单位的做法合法吗？我应该怎么办？很着急，我报考的学校要让五月底就把档案调过去，否则可能就取消录取资格。很郁闷。
    希望懂这方面的同志或者律师们帮着解答一下，出个主意啊。不胜感激啊~~