关于保密协议的问题

2015年3月我开始找工作，13年毕业后的第二份工作。
找到现在这家公司，进来时商定工资为4000元/月，所以进了这家公司。签合同时合同原文为“工资：计时形式：乙方工资为4000元/月（试用期3500元/月）”

2015年6月，公司要求签订保密协议（谈工资的时候没说有保密协议，在此之前听说有的员工签了），原文：“保密协议发放额度为500元/月”，保密协议要求限制就业，领导说会在原来的基础上增加500元的收入，我的理解是原先商量的4000元+500元，当初没问的那么清楚。

2015年7月，公司发工资时，工资条上显示是3500元基数+500元保密费，问了领导，他说原来商量的工资里包括500元保密费，以前和我说了。我顿时就糊涂了，每月工资不是计时工资+特别要求（保密费）么？

现在不知道怎么处理，如果上面是公司不对，我的另些问题是：
2、现在的工作环境还不错，暂时还不想走，想继续呆在这里，问这个问题可以现在搁置，以后换工作的时候在公司不愿意支付500的保密费时，使保密协议无效么？因为我考虑到这样对就业没限制也好。
3、这个问题是现在解决了，还是以后解决好？怎样才是最好的解决方法？因为我去问的时候，领导说“你要觉得不行我们可以重新签合同，因为如果加了500之后，我们的初衷就不同了”