燃油补贴被公司侵占

尊敬的律师：
您好，我于2010年买入一辆大客车，挂靠在一个客运公司，每月定额向公司交纳5000元的线路承包费。经营期间所产生的维修费‘保险、加油等费用均由我个人承担。我经验期间，单位于2012年和我们车主签了份协议，说是燃油补贴抵顶承包费。而我们的承包费从来没有降过。查阅了国家下发的相关文件也说明了燃油补贴应当归实际用油者。
我想请问下，和单位签订的合同是否合法化。燃油补贴是否应当归我们实际用油者所有。