关于应届大学毕业生签订就业协议问题

我是一名应届大学毕业生，我与杭州的一家单位签订了毕业生的三方协议，其中协议中学校还没有盖章。但是目前要违约，选择另外一个单位。我之前的那个协议并没有写违约金的问题，但是我始终是有过错的一方，也感到很愧疚，愿意赔偿杭州单位的损失1-2千。可是单位说按照惯例要我交至少5千的违约金，否则不开违约证明，这时新单位催的紧，我又弄到了一份新的协议，并和新单位签了新的就业协议。
    但是没有“违约证明”，学校不能给我办理派遣。
    我们学校规定：旧协议书+原单位违约证明+新单位接收函，这三样东西一起去办理派遣。
    请求我该如何处理这个问题。