开发商违约如何赔偿

房屋买卖合同中规定，开发商违约需每日支付万分之三的违约金。（房屋总价197万）
但临近交付日时，开发商以提高房屋安全性能，电梯、围栏等需改造，要求延期两个月交付，并签订了补充协议，协议中开发商免收6个月物业作为补偿。（每月物业费约360元）且补充协议中有一条“与原买卖合同不一致的，以本协议为准”。
如果按原合同，两个月违约金大概有200*60=1.2w。而以物业费抵偿，只有不到360*6=2180元。
但是签补充协议时，因为仓促没有注意到其中有一条修正原合同的条款。

想问一下：
补充协议与原合同赔偿出入较大，是否合法？是否可以要求以原合同的条款赔偿？
非常感谢！