专项技能培训的界定跟违约金

2013年4月进入一家刚建的公司，当时签了一个3个月的培训协议书，具体内容大概就是我们如果培训期间不干了，要赔钱，工资1200。可是那培训头个月是在某学校上课，之后两个月是直接顶岗。并且实际时间都5个月了，超出了协议。关键是培训里的东西跟我入职的岗位完全不搭，并且培训不是针对我个人或者少部分呢，而是几百个人。这是专项技能培训吗？？
之后2013年9月正式入职签了一个3年的合同书（但正式入职了却又来了个3个月试用期，工资还是1200），2015年9月22我提交了辞职信。10月10我申请退回辞职信，毕竟我岗位还是空着，没招到人。然而公司叫我直接交违约金走人（是说最初的那个培训是专项技能培训必须交）我该交吗？假如要交，但我也在提交辞职的10多天后，并且没岗位空缺的情况下提出了不辞职，但公司一个劲的让我交钱走人。不是说提前一个月书面申请吗，感觉是被强迫辞职了。现在不交钱也不让办离职手续，我9月22提的辞职信，当月（9月份）五险一金就直接给我停了，有个律师朋友跟我说不要交，那现在我需要劳动仲裁吗还是起诉？另外补充下我那公司算国有企业