协议书加盖旧公章是否有效？应不应该换新公章？

A公司原是从事酒业的国营企业，破产后，甲与其他四人合股组建了新公司（甲10股，其他4人各1股，共14股），并成为公司法人。两年后四人将股权有偿转让给乙，转让方式是乙给4人50万元现金，并每人还现房400余平方米，双方约定房子交付后4人的股东身份自行消失。又六年后，甲、乙在当地政府的主持下，签订了房产开发协议，协议约定乙全权开发房产项目，并按公司股权支付给甲房产若干，其他4人的房产也全由乙代为支付，乙完成项目并按协议执行后，其他4人与乙与新公司全部脱钩。双方对以上协议认可签字后，甲作为法人加盖了公司印章，并为了乙顺利推进房产开发项目，将公司印章交由县政府工作部门代管。但签约后的第二天，乙发现甲所盖印章是旧印章（没有代码），而新公司的公章已于2009年由县公安部门重新换发，对此，乙提出了质疑。甲的解释是公司新印章虽然已换，但由于公司没有出文说旧印章作废，所以旧印章仍然有效，就如第一、二代身份证一样。请问：协议书加盖旧公章是否有效？应不应该换新公章？