培训合同以及保密协议

我是一个刚毕业的学生，毕业后进入一家小公司，在公司期间公司内部组织了两个星期的培训，培训后签了一份培训合同和一个保密协议，由于公司几乎每天都加班，且加班时间过久，一般加班时间3个小时以上，没有加班费，出差时口头承诺报销路费及伙食费，但是回到公司后却反口，然后递交了辞职信，公司内部不允许辞职，且如果辞职的话必须赔偿培训费5000，而且强制性不让我走，我的工作已经按经理要求的以WORD文件的方式交给经理，后来就离开了公司，走时公司之前压了我一个月的工资，还有当月的半个月工资都没有拿，但是后来却受到公司的威胁，说要起诉我，并且以公司的名义发了一封律师函到我的家里，律师函里让我赔偿的培训费用是12980元，然后不停的联系我，让我回到公司，后来我咨询过律师，知道他们的合同是违法的，也和他们沟通过了，但是他们现在说如果那个合同不能作为证据起诉我又要以我违反保密协议为理由向我提起诉讼，并且威胁我说如果提起诉讼了，会对我以后的工作造成影响，留下案底，请问我该怎么处理，我没有泄密，这个保密协议能起到什么法律效应吗？如果说我先告他们胜算大吗？