实习协议问题

律师你好：我是一名刚毕业的大学生，10年10月份，桂林某公司到我们学校招聘实习生，学校推荐我们实习的机会，当时我们学校应聘过了总共120人左右，当时公司承诺实习按计件算，月收入1500元以上，到公司后培训一个月后，公司召集我们签协议，协议时这么说的 ，第一，甲方与乙方通过“双向选择”达成一致意见，应当签订《普通高等学校本专科毕业生，毕业研究生就业协议》本协议一式三份，甲乙双方和学校各执一份，复印无效。二 ：甲方须如实向乙方介绍本单位工作情况，以及安排乙方的工作岗位及待遇情况，乙方须如实向甲方介绍本人的情况，并在规定或约定的期限内报到。 三：甲方同意录用乙方，录用方式为聘用。  四：乙方到甲方报到后，双方应按有关法律法规的规定，订立劳动合同（聘用合同），并办理有关招录手续。劳动合同（聘用合同）订立后，本协议终止。  五，甲乙双方签订本协议后十五个工作日内由甲方将协议书（一式三份）送学校签证登记。学校签证后列入就业方案。   六、本协议经甲乙双方签字盖章后即生效。如有违约，违约方支付对方违约金三千元整（毕业生因升学不能按时就业，是否属于违约，双方可以依法商定）  七：双方其他约定的条款，可以在本协议书备注栏说明，并视为本协议内容，双方应共同遵守。        问题一，我们6.1号交了辞职报告，七月6号办理手续 ，分公司批准了 ，集团股份有限公司人力资源部，说我们违约   要我们交三千块钱   。  之前所约定的三千块并没有我们商量的余地，她说填三千  我们就得老老实实的填三千。我想问下这三千块 是不是不合理，劳动法不是规定违约金不能超过一个月的工资吗？我们每个月就是拿一千块钱左右   问题二，实习过程中  并不是之前公司承诺月薪1500以上我的同学实习八个月以来只有一个月超过1500，其他都是1000以下，并介绍给我们所工作的单位以及岗位，培训了四天后  就像卖猪仔一样把我们分到了车间的各个岗位，并没有我们选择的余地。问题三，  公司规定的签订了劳动合同后协议才终止这个规定是否合法有效，现在我们毕业了，不想在这做了。没有跟他签订劳动合同，安规定正常提出离职申请。现在他就说我们违约了叫我们交三千块钱，否则叫学校扣我们的档案。我想问下档案学校是否有权利扣我们的档案（公司规定毕业后拿了毕业证就跟公司签订劳动合同，现在我们毕业了 ）    我想问下我们该怎么办  请您指点我们告诉我们解决办法谢谢。