这样的协议是否有效？能否撤销？撤消后又如何主张权利

我承包600亩水库水面搞养殖（2007-2016年底），承包费07年一次付清，2011年被甲方以国家除险加固工程为名通知停业，后来得知工程投资计划2013年9月国家才下达。2015年工程开工，开工后以国家重点工程名义解除我承包合同，并以500元每亩,一次性补偿给我30万，当时有政府多部门出面，不得已签订补偿协议。后来在网上看到国家征收标准，每亩的青苗费都在千元以上，因此感到太不公，但我在补偿协议签了字，协议上有一条：本协议签订后乙方不得以其他理由提出异议。但补偿协议签订时，甲方为水库除险加固管理局和水库管理所，这两个单位都是水利局下属二级机构，没有行政主体资格，这样的协议是否有效？能否撤销？撤消后又如何主张权利？求大师指点。