如何使普通高校毕业生就业协议书失效？

我是2009届毕业生,当时学校发了普通高校毕业生就业协议书.叫我们给单位盖章寄回学校。但当时单位不给盖章，后来我们通过学校协商后公司说这份无效才肯给我们盖章。且叫我们12名学生(当时公司来我们学校找12名同学）把那份协议书签完字寄回公司盖章，但公司不仅盖了章而且还在上面写了双方违约要交违约金2000元，还有写协议期限是2009年3月1日——2012年6月30，然后公司寄回学校。
   我已经在公司加上实习间有10个月了，现在我要辞职了公司必须叫违约金2000元。
  请问公司这样做合法吗？ 
  我是否要按照协议书上来实行吗？
  请问如何使这份协议书失效呢？
                                 请各位专业人士帮忙帮忙
                                           谢谢各位
                                                2009年11月30日