关于补签合同和赔偿的问题

我是2003年进入单位工作的。当时单位正在经历事业转企业的过程（我们单位从2000年开始转企的，现在的性质是企业），说是还不能签订正式的劳动合同以及缴纳各种保险。此后一直在拖，每次提出要签订正式合同和上保险都拿正在办理很快就会办理这些借口来推脱，直到2008年10月，才正式与我们签订合同，但是合同内工作的起始日期是2008年10月，截止日期是2009年10月。以前的工龄之类都不算，上保险也是从签订合同的时间开始上。并且保险的钱包括企业应承担部分和个人承担部分都是从现有工资里面扣除。大约每人扣除工资的30%多。我们提出异议，单位说以前是临时工合同，现在才是合同工，以前的工资里包含里保险的，所以现在要从工资里面都扣除。（2004年单位说有些辞职的人后来又跑回来向单位索要年终奖金，于是让大家签订了一个简单的协定，规定了大家的岗位和工资，保证不会出现事后讨要这种情况。这个协议里的附加说明说保险随工资一起发放。当时没人给大家解释这些条款，并且领导说要工作必须签。这个协议只有一份，单位有，个人没有。协议规定的期限好像是1年。因为时间太长，大家都忘记了。现在单位说有这份协议，表明工资是包含保险的，不知道这个协议有没有法律效力？） 
并且单位说这个合同必须签，不签就视为拒签，可以走人了。 
请问这样的合同是不是合理的？ 
我们以前的工龄和保险是不是应该讨要？ 
保险从工资里扣除合理么？
补签以前的合同可不可以？应该怎么补签？