建设房屋是否违规

你好！ 我母亲和父亲都是县水泥有限公司的老员工，都有着几十年的工龄。我母亲在工作空余的时候，开一些厂里的水泥票、然后等涨价了再出售，2002年水泥厂经营不善接连亏损、资不抵债，我母亲开具的20余万水泥票钱也要不回来水泥也取不出来，我家人多次找领导协商，后来厂长批示给我们一块地让我们盖养殖厂，但是厂里要用地的时候要无条件的让出来（厂长出具的有书面证明）。2003年我们房子也盖好了厂也倒闭了，2005县里收回了土地。2013年县里把我们厂附近的土地卖给了开发商，城管、国土、街道、还有开发商多次来闹事说我们的房子是非法建筑，责令限期拆除。我们没有土地使用证和房产证，现在厂里很多住户也都没有这些证因为都是以前原厂的房子，我就想问一下我们是违规建筑吗？开发商如果占用应该怎么赔偿？我应该怎么维护自己的权益？