请教房屋拆迁问题

各位律师您们好，我们家的2栋房屋要拆迁了，地方出台了规定在05年8月后不允许建房。我家房子是在9几年就动工打好了基础，03年开始建设，但因父亲04年去世造成停工。06年恢复建设，08年建设完工。请问我们的房屋合法吗？我们手续全部齐全，国有土地证，报建手续之类的。
而且在这个问题上还有个小问题，因为我们是要求拆迁1比1的补偿，但是政府却因我们未装窗户为由有点不想1比1的赔偿的意思，想叫我们评估，1平方米才800多？这个是我们不能接受的。而且窗户的问题是在3年前我们建设好房屋后，准备安装时，政府来人说此地要拆迁，不准许再增加任何设施才没安装的。一说就是3年，3年来我们的房屋加店面没有出租、买卖，中间造成我们的不必要损失能否提出赔偿？
我听说国务院是不是有相关法律规定，在集体或国有土地上建房期限超过2年还是3年的，就算是违章建筑，也不允许不补偿就直接强行拆除的？
请律师帮我解惑。谢谢