发布文号: 保字第0931017561号
中华民国九十三年九月三十日财政部关税总局台总局保字第0931017561号令订定发布；并自即日起实施
项目：一、进储国外货物之通报
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十七条、第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第五条，关税法第二十二条第一项作业要点：
一、港区货栈
(一)进储：自国外运入自由港区内之自由港区事业供营运之货物及自用机器、设备等进储港区货栈传输进仓数据自主管理事项：
1、接收进口舱单分送数据，货物预定进储位置通知(讯息格式：简51011S)
2、点收进储
3、登录进仓总簿
4、传输进仓数据(讯息格式：简5102、简5102S，转口货物如从事转口之港区事业已传输者，免再传送)
5、异常更正
(二)出仓：自国外运入自由港区内之自由港区事业供营运之货物及自用机器、设备等进储港区货栈通报后出仓自主管理事项：
1、接收F1报单之计算机放行通知(讯息格式：简5116或简5116S)
2、港区事业办理提领
3、登录进仓总簿出仓
二、港区事业
自国外进储货物之通报自主管理事项：
(一)以报单(F1外货进储自由港区；讯息格式：简5105A或简5105S)向自由港区事业所在地海关通报进储国外货物。(得依关税法规定委托报关业者办理)
(二)接收F1报单计算机放行通知(讯息格式：简5116或简5116S)
(三)向港区货栈或船公司提领货物
(四)点收进储
(五)登录供营运货物帐或自用机器、设备帐
(六)异常更正
协调单位：港区管理机关、海关、报关业者、运输业者
项目：二、输往国外货物之通报
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十七条、第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第五条，关税法第二十二条第一项，自由港区事业输往国外货物输出文件通报作业规定作业要点：
一、港区货栈
(一)进储
港区事业运往国外货物进储港区货栈传输进仓数据自主管理事项：
1、提供网页接收预定进仓数据设施
2、点收进储
3、登录进仓总簿
4、传输进仓证明书(讯息格式：海运简5259、空运简5201)
5、异常更正
(二)出仓
港区事业运往国外货物进储港区货栈通报后出仓自主管理事项：
1、接收F5报单计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)
2、登录进仓总簿出仓
3、装并柜装车加封作业
4、出口货柜清单作业
5、装船机或开具运送单作业
二、港区事业
运往国外货物之通报自主管理事项：
(一)向港区货栈传输预定进仓数据及打印出口货物进仓申请书
(二)出仓单及出仓运入港区货栈作业
(三)自由港区事业输往国外货物，涉及国际规范或承诺，依「自由港区事业输往国外货物输出文件通报作业规定」，向目的事业主管机关
申请相关输出许可文件，以计算机传输数据或书面文件通报海关办理查核，未经查核者，海关不予核销或签署
(四)以报单(F5自由港区货物出口；讯息格式为简5203A或简520
3S)向自由港区事业所在地海关通报输往国外货物。(得依关税法规定委托报关业者办理)
(五)接收F5报单计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)
(六)核销供营运货物帐或自用机器、设备帐
(六)异常更正
协调单位：港区管理机关、海关、报关业者、运输业者
项目：三、转运货物之通报
作业单位：从事转口之自由港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十七条、第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第五条第三项，关税法第二十二条第一项、作业要点：
一、转口货物进储及重整之通报
(一)从事转口之港区事业于转口货物点收进储港区货栈或自用仓库后之通报自主管理事项：
1、接收进口舱单分送数据，货物预定进储位置通知(讯息格式：简51011S，进储港区货栈者免接收)
2、点收进储(进储港区货栈者免办理)
3、登录进仓总簿
4、传输进仓数据(讯息格式：简5102、简5102S)
5、异常更正
(二)从事转口之港区事业于转口货物点收进储自用仓库通报后拆及包件重整之通报自主管理事项：
1、以报单(F1外货进储自由港区；讯息格式：简5105A或简5105S)向自由港区事业所在地海关通报进储转口货物。(得依关税法规定委托报关业者办理)
2、接收F1报单计算机放行通知(讯息格式：简5116或简5116S)
3、登录供营运货物帐
4、异常更正
5、进行拆及包件之重整作业
6、登录重整后供营运货物帐
(三)重整作业范围依自由贸易港区货物通关管理办法第五条第一项第三款规定，准用海关管理货柜集散站办法第九条第二项规定办理，以办理货物原来包装之加装、分装、改装及利用人力或简单工具将货物组合之装配等作业为限。其以进仓数据通报者，应依下列方式办理：
1、未拆及包件者，免向海关申请核准，径行作业。
2、拆及包件者，须于重整前由从事转口之港区事业向海关通报F1报单，于接收计算机放行通知讯息后，始得进行重整作业
二、转口货物输往国外之通报
(一)从事转口之港区事业对于于转口货物未拆及包件出口之通报自主管理事项：
1、以转运申请书(T3自由港区外货转运出口；讯息格式为简5301、简5301S)，向其所在地海关通报(货物应办之报关手续，得依关税法规定委托报关业者办理)
2、接收T3放行通知讯息(简5204(S)、简5302(S))
3、核销进仓总簿
4、异常更正
5、出仓作业
6、后续装船装机作业交由港区货栈处理
(1)点收货物
(2)装并柜装车加封作业
(3)出口货柜清单作业
(4)装船机或开具运送单作业
(二)拆及包件转口货物出口之通报自主管理事项：
1、向港区货栈传输预定进仓数据及打印出口货物进仓申请书
2、出仓单及出仓运入港区货栈作业
3、以报单(F5自由港区货物出口；讯息格式为简5203A或简5
203S)向其所在地海关通报(得依关税法规定委托报关业者办理)。
4、接收F5计算机放行通知(讯息格式为简5204或简5204S)
5、核销供营运货物帐
6、异常更正
(三)不再转运国外之转口货物销售至他自由港区、国内课税区、保税区及区内自由港区事业者，按自由贸易港区货物通关管理办法第五条第一项第四款、第六条第一项第一款、第七条规定，办理通关(报)作业
协调单位：港区管理机关、海关、报关业者、运输业者
项目：四、输往其它自由港区货物之通报
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十七条、第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第五条，关税法第二十二条第一项作业要点：
一、港区货栈
(一)进储港区事业运往其它自由贸易港区进储港区货栈传输进仓数据自主管理事项：
1、提供网页接收预定进仓数据设施
2、点收进储
3、登录进仓总簿
4、传输进仓证明书(讯息格式：海运简5259、空运简5201)
5、异常更正
(二)出仓港区事业运往其它自由贸易港区进储港区货栈通报后出仓自主管理事项：
1、接收F4计算机放行通知(讯息格式为简5204或简5204S)
2、登录进仓总簿出仓
3、装车装并柜加封作业
4、开具运送单作业
二、港区事业
(一)买方(输入、进储)其它自由贸易港区售予港区事业进储通报自主管理事项：
1、其它自由贸易港区港区事业以报单(F4自由港区与他自由港区、课税区间之交易；讯息格式为简5203A或简5203S)向卖方自由港区事业所在地海关通报(货物应办之报关手续，得依关税法规定委托报关业者办理)。
2、港区事业接收F4计算机放行通知(讯息格式为简5204或简5204S)。
3、向港区货栈提领货物或由其它自由贸易港区经由港区门哨直接运入。
4、点收进储
5、登录供营运货物帐或自用机器、设备帐
6、异常更正
(二)卖方(输出)港区事业运往其它自由贸易港区之通报自主管理事项：
1、向港区货栈传输预定进仓数据及打印出口货物进仓申请书
2、出仓单及出仓运入港区货栈作业
3、以报单(F4自由港区与他自由港区、课税区间之交易；讯息格式为简5203A或简5203S)向卖方自由港区事业所在地海关通报(货物应办之报关手续，得依关税法规定委托报关业者办理)。
4、接收F4计算机放行通知(讯息格式为简5204或简5204S)。
5、核销供营运货物帐或自用机器、设备帐
6、异常更正
协调单位：港区管理机关、海关、报关业者
项目：五、输往课税区、保税区货物之通关
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十七条、第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第五条，关税法第二十二条第一项作业要点：
一、港区货栈
(一)进储港区事业运往课税区、保税区进储港区货栈传输进仓数据自主管理事项：
1、提供网页接收预定进仓数据设施
2、点收进储
3、登录进仓总簿
4、传输进仓证明书(讯息格式：海运简5259、空运简5201)
5、异常更正
(二)出仓港区事业运往课税区、保税区进储港区货栈通关后出仓自主管理事项：
1、接收计算机放行通知(F2自由港区货物进口、B6保税厂输入货物、原料或D8外货进保税仓；讯息格式：简5116、5116S)。
2、登录进仓总簿出仓
3、装车装并柜加封作业
4、开具运送单作业
二、港区事业港区事业运往课税区、保税区、加工出口区、科学工业园区之通关自主管理事项：
(一)向港区货栈传输预定进仓数据及打印进口货物进仓申请书
(二)出仓单及出仓运入港区货栈作业
(三)以(F2自由港区货物进口、B6保税厂输入货物、原料或D8外货进保税仓；讯息格式：简5105A、5105S)报单通关(得依关税法第二十二条第一项规定委托报关业者办理)。
(四)接收F2、B6、D8计算机放行通知(讯息格式：简5116、5116S)。
(五)核销供营运货物帐或自用机器、设备帐
(六)异常更正
(七)补税案件、运往课税区修理、检验测试、委托加工等案件比照自主管理。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：六、进储课税区、保税区货物之通关
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十七条、第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第五条，关税法第二十二条第一项作业要点：
一、港区货栈
(一)进储课税区、保税区售予港区事业进储港区货栈传输进仓数据自主管理事项：
1、提供网页接收预定进仓数据设施
2、点收进储
3、登录进仓总簿
4、传输进仓证明书(讯息格式：海运简5259、空运简5201)
5、异常更正
(二)出仓课税区、保税区售予港区事业进储港区货栈通关后出仓自主管理事项：
1、接收F4自由港区与他自由港区、课税区间之交易，B8保税厂进口货物、原料复出口，B9保税厂产品出口，D5保税仓货物出口等计算机放行通知(讯息格式：简5204、5204S)。
2、港区事业办理提领
3、登录进仓总簿出仓
二、港区事业
(一)课税区、保税区售予港区事业进储通关自主管理事项：
1、课税区、保税区业者申报通关(得依关税法第二十二条第一项规定委托报关业者办理)，委外加工运回亦同。
2、港区事业接收F4、B8、B9、D5计算机放行通知(讯息格式：简5204、5204S)。
3、向港区货栈提领货物
4、点收进储
5、登录供营运货物帐或自用机器、设备帐
6、异常更正
(二)加工出口区、科学工业园区售予港区事业进储通关自主管理事项：
1、加工出口区、科学工业园区区内事业申报通关(得依关税法之规定，委托报关业者办理)，委托加工出口区、科学工业园区加工运回亦同。
2、港区事业接收B8、B9计算机放行通知(讯息格式：简5204、5204S)。
3、向港区货栈提领货物或由加工出口区、科学工业园区经由港区门哨直接运入
4、点收进储
5、登录供营运货物帐或自用机器、设备帐
6、异常更正
协调单位：港区管理机关、海关
项目：七、区内交易货物之通报
作业单位：港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十七条、第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第五条，关税法第二十二条第一项作业要点：
一、买方(进储)买方港区事业进储通报：
(一)港区事业接收F3计算机放行通知(讯息格式：简5116或简5116S)。
(二)向卖方港区事业提领货物或由卖方港区事业直接运入。
(三)点收进储
(四)登录供营运货物帐或自用机器、设备帐
(五)异常更正
二、卖方(输出)港区事业运往区内其它自由港区事业之通报：
(一)以报单(F3自由港区区内事业间之交易；讯息格式：简5105A、5105S)向其所在地海关通报(得依关税法第二十二条第一项规定委托报关业者办理)。
(二)接收F3计算机放行通知(讯息格式：简5116或简5116S)。
(三)核销供营运货物帐或自用机器、设备帐
(四)异常更正
三、港区事业买卖双方于出厂或进仓后，应凭F3分送讯息或书面数据，即应纳入内部出厂、进仓登录与账册管理登帐或销帐。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：八、修理、测试、检验及委托加工之处理
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第二十三条第一项、第二十四条，自由贸易港区货物通关管理办法第八条第三款、第五条，关税法第二十二条第一项作业要点：
一、货物出区
依出仓货物资料，填具「自由港区货物出仓单」(或经海关核可替代单证)点验货物出仓，进储指定地点，于接获进口货物计算机放行通知
(讯息格式简5116或简5116S)后，比对登录「自由港区事业营运货物帐」，或「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」，及「自由港区免税货物运往课税区修理、测试、检验，加工、制造案件纪录表」(自由港区书表格式：帐务七)之通关数据(F2报单)，或比对报单数据后登录帐务，计算机产生帐务报表及储位明细。
二、复运入区
接获出口货物计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)后，提领货物进储，依进仓货物资料，填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物，并比对登录「自由港区事业营运货物帐」，或「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」，及「自由港区免税货物运往课税区修理、测试、检验，加工、制造案件纪录表」之通关数据(F4报单)，或比对报单数据后登录帐务，计算机产生帐务报表及储位明细。
三、展延入区期限
因故需延长复运回自由港区期限者，于复运期限届满前，以书面叙明理由，检附有关证件，向海关申请展延，展延以六个月为限，凭该核准文件自行于「自由港区免税货物运往课税区修理、测试、检验，加工、制造案件纪录表」登录，计算机产生帐务报表。
四、区外出口
(一)因特殊情形，不运回自由港区径行出口，应先申请海关核准，于区外报运出口。
(二)于接获出口货物计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)后，比对登录「自由港区免税货物运往课税区修理、测试、检验，加工、制造案件纪录表」之通关资料(F5报单)，或比对报单数据后登录帐务，计算机产生帐务报表。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：九、进储本条例第十六条限制物品之通报
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十六条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条第九款，关税法第二十二条第一项，自由港区事业输往国外货物输出文件通报作业规定作业要点：
一、输入
港区事业进储本条例第十六条规定，须于进储前经各该目的事业主管机关核准进储之物品，应于进储后依核准文号项目列册自主管理，出口后依核准文号项目列册销案。
二、输出
自由港区事业输往国外货物，涉及国际规范或承诺，依「自由港区事业输往国外货物输出文件通报作业规定」，向目的事业主管机关申请相关输出许可文件，以计算机传输数据或书面文件通报海关办理查核，未经查核者，海关不予核销或签署。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：十、货物及自用机器设备之帐务处理
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条，自由贸易港区货物通关管理办法第四条、第十条作业要点：
一、港区货栈进出货物点验及帐务登录
(一)货物进储
凭相关业者提供之货物数据，填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物进储，向海关传输货物进仓数据，并登录「自由港区货栈进出货物总簿档」进储栏，计算机产生帐务报表及储位明细。
1、国外货物：凭S/P及运输业者提供之舱单数据点收货物进储，向海关传输「进口货物进仓数据」(讯息格式简5102或简5102S)。
2、课税区、保税工厂、保税仓库、物流中心货物：凭出口业者提供之货物数据点收货物进储，向海关传输「出口货物进仓数据」(讯息格式简5201或简5259)。
3、本自由港区输往国外及他自由港区货物：凭港区事业提供之货物数据点收货物储，向海关传输「出口货物进仓数据」(讯息格式简5201或简5259)。
4、输往课税区、保税工厂、保税仓库、物流中心、加工出口区、科学园区货物：凭港区事业提供之货物数据点收货物进储，向海关传输「进口货物进仓数据」(讯息格式简5102或简5102S)。
5、运往课税区修理、测试、检验、加工、制造货物：出区时，凭自由港区事业提供之货物数据点收货物进储，向海关传输「进口货物进仓数据」(讯息格式简5102或简55102S)；运回入区时，凭课税区受委业者提供之货物数据点收货物进储，向海关传输「出口货物进仓数据」(讯息格式简5201或简5259)。
(二)货物出仓
凭海关计算机放行通知，及相关报单数据，核对标记及数量相符后，填具「自由港区货物出仓单」(或经海关核可替代单证)点验货物出仓，并登录「自由港区货栈进出货物总簿档」出仓栏，计算机产生帐务报表及储位明细。
1、输往国外及他自由港区：出口货物计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)，及F5(输往国外)、F4(输往他自由港区)报单资料。
2、转运他自由港区：T1转运准单(讯息格式简5302，兼代进口货物计算机放行通知)。
3、输往课税区、保税工厂、保税仓库、物流中心、加工出口区、科学园区、区内交易货物：进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)，及F2(课税区)、B6(保税工厂、加工出口区、科学园区)、D8(保税仓库、物流中心)报单资料。
4、进储本自由港区事业：进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)，及F1报单数据(从国外输入)，或出口货物计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)，及F4(从他自由港区、课税区输入)、D5(从保税仓库、物流中心输入)、B8、B9(从保税工厂、加工出口区、科学园区输入)报单资料。
(三)公证或取样货物
凭港区事业向海关申请核发之准单办理(通关作业手册第四节、项目一、作业要点三)，填具「自由港区货物出仓单」点验货物出仓，登录「自由港区货栈进出货物总簿档」，并于备注栏注明准单号码，计算机产生帐务报表。
(四)短、溢卸及异常货物
依原申报数量登录，并依「海关管理进出口货栈办法」第二十二条规定期限，缮具短、溢卸报告送海关查核后，调整原货物帐；破损、变质或损坏货物，亦依原申报数量登录，俟缮具损坏、变质或损失货物清单，经海关查核后，调整原货物帐，计算机产生帐务报表；破损或变质部分，需另行报废者，依报废规定办理。
二、自用机器、设备进出点验及帐务登录
自由港区货栈、自由港区事业，于许可筹设期间，取得营运许可前，须进储自用机器、设备、及其使用之物料者，应设置「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」，依本作业要点登录及管理自用机器、设备，及其使用之消耗性物料。
(一)货物进储
1、接获海关传输之货物计算机放行通知(从国外输入、区内交易为进口货物计算机放行通知，讯息格式简5116或简5116S，从他自由港区、课税区、保税仓库、物流中心、保税工厂、加工出口区、科学园区入区为出口货物计算机放行通知，讯息格式简5204或简5204S)后，提领货物进储。
2、依进储货物资料，填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物，并比对向海关通报(或通关)登录「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」(自由港区书表格式：帐务一)之报单数据(从国外输入为F1、从他自由港区、课税区输入为F4、从保税仓库、物流中心输入为D5、从保税工厂、加工出口区、科学园区输入为B8、B9)，或比对报单数据后登录「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」(区内领用从事重整后进储者无报单数据)，计算机产生帐务报表及储位明细。
(二)货物出仓
1、填具「自由港区货物出仓单」(或经海关核可替代单证)点验货物出仓，进储指定地点。
2、于接获货物计算机放行通知(输往国外及其它自由港区货物为出口货物计算机放行通知，讯息格式简5204或简5204S，输往课税区、保税仓库、物流中心、保税工厂、加工出口区、科学园区、及区内交易为进口货物计算机放行通知，讯息格式简5116或简5116S)后，比对向海关通报(或通关)登录「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」之报单资料(输往国外为F5、他自由港区为F4、课税区为F2、保税仓库、物流中心为D8、保税工厂、加工出口区、科学园区为B6)，或比对报单资料后登录帐务(区内重整、加工、制造领用货物，无报单资料)，计算机产生帐务报表及储位明细。
(三)公证或取样货物
以书面向海关申请核发准单(通关作业手册第四节、项目一、作业要点三)，凭以向存储货物之仓库业者提领货物，或填具「自由港区货物出仓单」点验货物出仓，并登录「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」」，于备注栏注明准单号码，计算机产生帐务报表。
(四)短、溢装及异常货物
依原申报数量登录，专责人员缮具短、溢装报告送海关查核后，调整原货物帐；破损、变质或损坏货物，亦依原申报数量登录，俟缮具损坏、变质或损失货物清单，经海关查核后，调整原货物帐，电脑产生帐务报表；破损或变质部分，需另行报废者，依报废规定办理。
(五)免税之机器、设备进储满五年，于次一盘点年度起，得免再列入「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」。
三、供营运货物进出点验及帐务登录
(一)货物进储
1、区外或区内交易货物：
(1)接获海关传输之货物计算机放行通知(从国外输入、区内交易为进口货物计算机放行通知，讯息格式简5116或简5116S，从他自由港区、课税区、保税仓库、物流中心、保税工厂、加工出口区、科学园区入区为出口货物计算机放行通知，讯息格式简5204或简5204S)后，提领货物进储。
(2)依进储货物资料，填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物，并比对向海关通报(或通关)登录自由港区事业营运货物帐」(自由港区书表格式：帐务三)之数据(从国外输入为F1、从他自由港区、课税区输入为F4、从保税仓库、物流中心输入为D5、从保税工厂、加工出口区、科学园区输入为B8、B9)，或比对报单数据后登录「自由港区事业自用机器、设备、物料帐」，计算机产生帐务报表及储位明细。
2、区内重整、加工、制造之成品货物：
(1)改变原货物名称、规格、型号、料号者：填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物进储，自行登录「自由港区事业营运货物区内重整或加工、制造货物帐」，计算机产生帐务报表及储位明细。
(2)未改变原货物名称、规格、型号、料号者：填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物进储，重行登录「自由港区事业营运货物帐」，计算机产生帐务报表及储位明细。
(二)货物出仓
1、依出仓货物资料填具「自由港区货物出仓单」(或经海关核可替代单证)点验货物出仓，进储指定地点。
2、于接获海关传输之货物计算机放行通知(输往国外及其它自由港区货物为出口货物计算机放行通知，讯息格式简5204或简5204S，输往课税区、保税仓库、物流中心、保税工厂、加工出口区、科学园区、及区内交易为进口货物计算机放行通知，讯息格式简5116或简5116S)后，比对向海关通报(或通关)登录「自由港区事业营运货物帐」，或「自由港区事业营运货物区内重整或加工、制造货物帐」之报单资料(输往国外为F5、他自由港区为F4、课税区为F2、保税仓库、物流中心为D8、保税工厂、加工出口区、科学园区为B6)，或比对报单数据后登录帐务，计算机产生帐务报表及储位明细。
(三)公证或取样货物
以书面向海关申请核发准单(通关作业手册第四节、项目一、作业要点三)，凭以向存储货物之仓库业者提领货物，或填具「自由港区货物出仓单」点验货物出仓，并登录「自由港区事业营运货物帐」，或「自由港区事业营运货物区内重整或加工、制造货物帐」，于备注栏注明准单号码，计算机产生帐务报表。
(四)短、溢装及异常货物
依原申报数量登录，专责人员缮具短、溢装报告送海关查核后，调整原货物帐；破损、变质或损坏货物，亦依原申报数量登录，俟缮具损坏、变质或损失货物清单，经海关查核后，调整原货物帐，电脑产生帐务报表；破损或变质部分，需另行报废者，依报废规定办理。
四、从事转口业务之港区事业货物进出点验及帐务登录
(一)货物进储
1、凭S/P及运输业者提供之舱单数据，或T1转运申请书数据，填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物进储，向海关传输转口货物进仓数据(讯息格式简5102或简5102S)，并登录「自由港区货栈计算机进仓总簿文件」，或货柜及货物存站纪录簿册。
2、进储后须拆及包件重整之货物，以F1报单向海关通报，于接获海关传输进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)后，核销原以舱单数据输入之总簿文件，或货柜及货物存站纪录簿册，并以F1报单货物明细，填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物进储，并比对登录「自由港区事业营运货物帐」之数据，或比对后登录「自由港区事业营运货物帐」，计算机产生帐务报表及储位明细。
(二)货物出仓
凭下列海关计算机放行通知，及相关报单数据，核对标记及数量相符后，填具「自由港区货物出仓单」(或经海关核可替代单证)点验转口货物出仓，并登录「自由港区货栈计算机进仓总簿文件」，或货柜及货物存站纪录簿册(未拆包件货物)，或「自由港区事业营运货物帐」(拆及包件重整货物)：
1、未拆包件(未以F1通报货物)转运出口：T3转运申请书(讯息格式简5301或简5301S)及转运准单讯息。
2、拆及包件(已以F1通报货物)重整货物出口：F5报单及出口货物计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)。
3、未拆包件或拆及包件重整货物转售：
(1)区内事业为F3报单及进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)。
(2)售其它自由港区为F4报单及出口货物计算机放行通知(讯息格式简5204或简5204S)。
(3)课税区为F2报单及进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)。
(4)保税仓库、物流中心为D8报单及进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)。
(5)保税工厂、加工出口区、科学园区为B6报单及进口货物电脑放行通知(讯息格式简5116或简5116S)。
五、进储供修理后再输出或销售货物之登录及管理
(一)货物进储
接获进储货物计算机放行通知后，提领货物进储，依进储货物资料，填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物，并比对向海关通报(或通关)登录「自由港区事业营运货物帐」之数据，或比对数据后登录帐务，计算机产生帐务报表及储位明细。
(二)案件登录
依进储报单所列货物项目，逐项设置「自由港区事业修理案件纪录表」，凭以登录使用免税货物明细，计算机产生帐务报表，结算时凭以核销帐务。
(三)货物出仓修理
填具「自由港区货物出仓单」(或经海关核可替代单证)点验待修及使用免税货物出仓，并分别于「自由港区事业营运货物帐」出仓栏登录提领之待修货物，及其使用之免税货物；并将各待修货物使用之免税货物，分别于各「自由港区事业修理案件纪录表」之「使用免税原料货物明细」栏登录，计算机产生帐务报表。
(四)货物修毕进储填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)点收货物进储，并登录原「自由港区事业营运货物帐」，计算机产生帐务报表及储位明细。
(五)修毕货物出仓
依出仓货物资料，填具「自由港区货物出仓单」(或经海关核可替代单证)点验货物出仓，进储指定地点，接获出仓货物计算机放行通知后，比对向海关通报(或通关)登录「自由港区事业营运货物帐」，及「自由港区事业修理案件纪录表」之数据，或比对数据后登录帐务，计算机产生帐务报表及储位明细。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：十一、盘点及盘点清册、结算报告表之造送
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条、第十九条、第二十条、
第二十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条、第十款、第十三条、第十四条；自由贸易港区通关作业手册
第三章
作业要点：
一、营运货物库存动态管理
(一)依据「自由港区事业营运货物库存动态表」进行查核时，若发现盘差，即依规定缮F2报单补税，于各该货物帐出仓之「其它」栏登录，「备注」栏登录说明；盘盈时，盘盈数量另行填具「自由港区货物存仓单」(或经海关核可替代单证)办理补登录，于各该货物帐之进储相关字段登录，并调整帐务，「备注」栏登录说明。
(二)实施持续盘存存货控制，或帐务可直接显示实际库存之非加工、制造业，定期或不定期查核库存时，发现盘盈、差，亦实时依前述作业办理补税、补登录，及调整帐务。
二、办理盘点及盘点清册、结算报告表等送海关备查自由港区货栈、自由港区事业，于许可筹设期间，取得营运许可前，进储之自用机器、设备、及其使用之物料，仍须依本条例第二十条规定，办理年度盘点，其年度盘点期间，以第一批自用机器、设备，或其使用之物料进储之翌日起计。
(一)自由港区之盘点，分年度盘点，结束、废止、撤销营运之盘点，及年度期间定时或不定时盘点，除年度期间定时或不定时盘点外，其余盘点作业，悉依「自由贸易港区货物通关作业手册」第三章第三节作业项目二办理，并于盘点日之翌日起一个月内，将会计师签证之盘存清册、结算报告表、各项折合分析清表、盘点统计表造送海关备查，必要时，于期限内向海关申请展延一个月。
(二)重整、加工、制造货物使用原料，以输出日前向海关备查之「单位用料清表」为折合依据，送海关备查前输出之该项货物，使用原料不予折合。
(三)年度盘点日之翌日，为新年度帐务之起始日，因盘点年度结算报告表未经核算、签证，结转数未确定，新年度之期初数，可依盘点数暂列，俟会计师签证送海关备查后，再予补正，调整相关帐务。
协调单位：港区管理机关、受委托会计师、海关
项目：十二、废品、下脚及其有利用价值部分之处理
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：「自由贸易港区设置管理条例」第十八条第一、二项，「自由贸易港区货物通关管理办法」第四、十、十一条、「自由贸易港区通关作业手册」第三章第二节项目七作业要点：
一、废品、下脚货物自行列册管理，订期造具报废清册申请海关查核，依自由贸易港区管理机关核准方式销毁。
二、有残余价值部分，以F2报单补税者，于接获进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)后，自行登录相关帐务，计算机产生帐务报表。
三、无残余价值部分，依自由贸易港区管理机关核准方式处理后，须登录帐务者，自行登录相关帐务，计算机产生帐务报表。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：十三、物品遭窃、遭受灾损时之处理
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：「自由贸易港区设置管理条例」第十八条第一、二项，「自由贸易港区货物通关管理办法」第四、十、十二条、「自由贸易港区通关作业手册」第三章第二节项目八作业要点：
一、货物遭窃
(一)免税货物遭窃，需立即缮具失窃免税货物清表，向自由港区管理机关及警察机关报案，取得证明向海关报备，于三个月内以F2报单办理补税，于接获进口货物计算机放行通知(讯息格式简5116或简5116S)后，于各该货物帐出仓之「其它」栏登录，「备注」栏登录说明及报备文号。
(二)有特殊情形，于F2报单办理补税时，可向海关申请提供保证金，暂免补税，于失窃之翌日起，六个月内未寻回者，以保证金抵缴结案，寻回部分退还保证金。
二、灾损货物
(一)免税货物存储期间，遭受水灾、风灾、火灾、或其它天然灾害而致损毁，于灾害事实终止之翌日起一周内向海关申报，由自由港区管理机关证明者，核实除帐，于各该货物帐出仓之「其它」栏登录，「备注」栏登录说明及报备文号。
(二)产生之废品，依本节作业项目七、废品报废货物规定办理。
协调单位：港区管理机关、承办警察机关、海关
项目：十四、门禁之管控
作业单位：港区货栈、港区事业、港区门哨
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十条第一项第三款、第十八条、第三十三条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第十四款、第十五条、第十六条、第十七条；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管作业要点：
一、港区门哨
(一)自由贸易港区人员、车辆、物品之入出及居住，依「自由贸易港区设置管理条例」第三十三条规定办理。
(二)港区门哨应办理之货物控管事项，依「自由贸易港区货物通关管理办法」第十七条规定办理。
(三)非营运货物入出区，凭运送文件(发票、送货单等)向港区门哨申请核发运送单凭以出区。
(四)港区事业供营运之货物、机器、设备、物料，不经港区货栈通报(关)直接出区者，应凭特别准单、放行讯息、出仓文件、出厂放行单、出口货物进仓申请书或运送单讯息，以区域联机或因特网连线方式，向港区门哨申请核发「货柜(物)运送单(兼出进站放行准单)」(以下简称运送单)，经核准后，自行打印运送单凭以出区。
二、港区事业、港区货栈设门禁管制，负责执行货柜(物)进出栈、仓(厂)之查对，并分别按货物流通作业性质，办理货物进储、提领、异动与货柜(物)动态登录等电子数据传输相关事项：
(一)出区
1、未经通报、通关程序取得放行讯息者，货物应先进储港区货栈，俟取得海关放行讯息后，由港区货栈直接打印运送单办理出区。
2、货物不运出港区门哨直接装船(机)出口，货物应先进储港区货栈，俟取得海关放行讯息后，由港区货栈凭海关放行通知及装货单(或托运单)，核对装运之船名、航次或班机航次及货物之标记、箱号或航空卷标号码、件数无讹后，方准提货装运；货物运出区外装船(机)出口，应打印运送单办理出区手续。
3、供营运之货物运出区外输往其它自由港区或加工出口区、科学工业园区、保税仓库，货物应先进储港区货栈，俟取得海关放行讯息后，由港区货栈凭海关放行通知、提货单、转运准单或其它经海关核准之文件核对收货人、货物之标记、箱号及件数无讹后方准提货出区。其为整装货柜，并应核对货柜标志、号码无讹后始准提柜出区。
4、供营运之货物、机器、设备运往课税区，或因修理、测试、检验、委托加工等需出区者，货物先进储港区货栈，俟完成通关放行手续，由港区货栈核对放行讯息无讹后签发运送单凭以出区。
(二)入区
1、国外货物卸船(机)不运出港区门哨直接进储者，免货柜(物)运送单，凭海关核发之特别准单(含货柜清单)依下列规定办理：
(1)经通报直接进储，取得放行通知讯息者，得直接进储港区事业。
(2)未经通报之货物应先进储港区货栈，货柜(物)进储时，港区货栈应验明货柜标志、号码及封条号码无讹后启封，卸货点验货物唛头(航空卷标号码)、件数无讹后进储。
(3)港区事业应向海关通报，俟取得放行后，始得提领货物。3、由不同关区卸船(机)转运或联锁货栈、货柜集散站转运，保税工厂、保税仓库、物流中心、课税区、委托加工后运回、已出区出口退关运回进储之货物，货物应先进储港区货栈。由港区货栈凭运送单、特别准单、转运申请书、放行讯息、送货单、发票、进仓申请书等数据，核对运送单，验明保税卡车(货箱)车号(货箱号码)、货柜标志、号码及封条号码无讹后启封，卸货点验货物唛头(航空卷标号码)、件数无讹，点收货柜(物)进储。
4、由科学工业园区、加工出口区经通关取得放行讯息后进储之货物，得直接进储港区事业。
协调单位：港区管理机关、运输业者、海关
项目：十五、制造、物流、仓储及厂(场)区作业之管理作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第十五款、第十五条、第十六条、第十七条；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管作业要点：
一、自由港区事业得经核准在自由港区内从事贸易、仓储、物流、组装、重整、包装、修配、加工、制造、展示或技术服务之事业。
二、货物点验进储：由自由港区事业凭特别准单、转运准单、放行讯息、出仓文件、出厂放行单、发票、送货单或退关文件核对运送单，验明保税卡车(货箱)车号(货箱号码)或物流中心自营或契约可加封卡车(货箱)、货柜标志、号码及封条号码无讹后启封，卸货点验货物之唛头(航空卷标号码)、件数无讹进储，并以电子数据传输办理货柜(物)进储登录作业。
三、港区事业应设有仓库或一定之场所，俾供营运之货物存入港区事业或于加工作业完成后，得以集中存放。对货柜(物)之进储、提领、存放位置、异动及进出厂(场)区，设有一套完整之计算机控管作业，可供在线实时查核。相关计算机纪录保存五年，单证保管三年。
四、依本条例第十六条规定，须于进储前经各该目的事业主管机关核准进储之物品，应于进储后依核准文号项目列册控管。
五、对于进储货物之存储或进行各项制程、重整、加工、制造、查核、盘点、申报补缴税费、及货物流通时应遵行程序及事项，如纪录、管理、加封管制、特殊押运及通关等，依相关规定办理。
六、港区事业应依规定设置计算机货物帐文件，对于货物存入、提出、自行检查或抽取货样，均应分别详实登录于该簿册内，设置之货物存放处所，应标示储位。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：十六、封条加封及核销作业
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第十六款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管作业要点：
一、自由港区内供营运之货物或自用机器、设备，需运出自由港区至保税区、他自由港区或出口者，除烟酒、尚未开放准许间接进口之中国大陆出产农产品及食品等货物由海关派员押运外，如有下列情形之一者，得以加封海关封条或经海关核准之自备货柜封条替代押运。
(一)经海关开柜查核货证相符，认无押运之必要者。
(二)经海关认定为低危险群或经与海关签订策略联盟之业者所载运之货物。
二、使用海关封条加封核销作业
(一)专责人员向海关稽查(仓库)单位领取海关封条备用，领用封条时应即清点无讹签收。
(二)使用之封条应按征收加封费及免征加封费类别，分别设置封条使用纪录簿，记录各封条之使用情形，其字段应包括日期、封条号码、货柜标志号码、使用单位人员签名、规费证号、用途或备注等。专责人员应负责催缴加封费，并按规定核销，按月填报「封条使用及加封费」统计表，次月五日前送海关复核无讹后，文件依序归档备查。
(三)封条如有故障应注记并缴还海关，遗失时应立即缮具理由书报请海关处理。
(四)加封费规费证贴证销证时，注意规费证应完全贴牢于有关文件上，不得浮贴、重迭或以大头针、订书机、别针；并由专责人员使用统一制颁之销证专用钢印予以核销。销印时应比照邮局核销邮票方式办理，即每一张规费证均应加盖一个钢戳，且须拦腰盖销，三分之二在规费证上，三分之一在文件上；销证之印色，一律使用黑墨油，销印应力求清晰，不得模糊或重复印盖，戳内日期并应准确。销证后于贴证处旁应加盖核销规费证说明章，注明规费种类、次数、金额、规费证号码等并加盖专责人员章。
(五)规费证经贴用后，应即核销，核销后不得重复使用或抵用，并应注意有无伪造、变造或重复使用情事。
(六)依海关规定领用封条自行加封者，其加封费减半征收。加封规费并得按月累计，自海关填发国库专户存款收款书送达之翌日起十四日内一次缴纳。
(七)业经海关加封或经海关核准使用自备封条并依规定自行加封之货柜(物)，经海关开柜检视或查验后再由海关加封者，免征加封费。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：十七、短装、溢装报告之填报
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第十七款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管作业要点：
一、港区货栈
(一)自由港区事业国外货物进储时，遇有短卸、溢卸之情事者，以进口货物(短)溢卸报告(简5103、简5162)，依运输工具进出口通关管理办法之规定办理。
(二)港区货栈点收自由港区内供营运之货物后，以进口货物进仓资料讯息(简5102、简5102S)传送海关。如有破损情者，应将损失、变质或损坏情形缮具事故证明单，送由运输工具管理货物人员副署后，在计算机存货簿册文件注记，并将事故证明单乙份，及进口货物破损
(进仓异常)报告(简5104、简5163)，依规定时限书面递送海关。
二、港区事业
(一)货物实到件数与通报进储之报单上申报件数相符，其包装外型完整，并无开启之痕迹，但其内部经查验核对，发现部分短缺者，其短缺部分，可认为短装。
(二)自由港区事业货物开箱时发现有短溢装情事，专责人员应即停止作业，并向监管海关报告。
(三)自由港区事业货物直接进储时，如发现有破损情事，非因仓库管理人员或货物关系人保管不慎所致者，专责人员应缮具破损货物清单二份，一份送监管海关核备，另一份留存备查。协调单位：港区管理机关、海关
项目：十八、重整、包装、加注或更正标记、箱号作业
作业单位：港区货栈、从事转口之自由港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第十八款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管
作业要点：
一、港区货栈、从事转口之自由港区事业未拆及包件之重整
(一)转口货物及货柜在港区货栈或从事转口之自由港区事业自用仓库内之存放、移动及处理，准用海关管理货柜集散站办法第九条第一项规定办理。
(二)所称未拆及包件之重整者，以办理货物原来包装之加装、分装、改装及利用人力或简单工具将货物组合之装配等作业为限。
(三)存储于港区货栈之货物如有加装、分装、改装或打件、变更标记、包装、箱号或航空卷标号码，均须经海关核准，由专责人员凭准单或申请书办理监视。
二、港区事业、从事转口之港区事业货物拆及包件之重整
(一)供营运货物拆及包件，经通报取得放行通知讯息后，办理重整业务者得依下列方式办理重整：
1、检验、测试：存仓货物予以检验、测试。
2、整理：存仓货物因破损而须加以整补修理或加贴标签。
3、分类：存仓货物依其性质、形状、大小颜色等特征予以区分等级或类别。
4、分割：将存仓货物切割。
5、装配：利用人力或简单工具将货物组合。
6、重装：将存仓货物之原来包装重行改装或另加包装。
(二)货物之重整应受下列限制：
1、不得改变原来之性质或形状。但虽改变形状，却仍可辨认其原形者，不在此限。
2、在重整过程中不发生损耗或损耗甚微。
3、不得使用复杂大型机器设备以从事加工。
4、重整后不合格之货物，如属国内采购者，不得报废除帐，应办理退货，如属国外采购者，除依规定退货掉换者外，如检具发货人同意就地报废文件，准予报废除帐。
5、重整后之产地标示，应依其它法令有关产地之规定办理。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：十九、看样、取样及公证作业
作业单位：港区货栈
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第十九款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管作业要点：
一、存储于港区货栈之货物或自用机器、设备、物料，如须看样、取样或公证，由货物所有人(自由港区事业)向海关申请核发特别准单，交由港区货栈专责人员监视办理，办理完毕于计算机文件(登记簿)注记。
二、政府机关基于商品检验或检疫需要所为之取样，得凭该管机关检验(疫)人员签章之特别准单办理。
三、拆动包件，应由申请人恢复包封原状。
四、作业文件依序列管备查。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：二十、空货柜进出之检查
作业单位：港区货栈、港区门哨
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第二十款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管
作业要点：
一、空货柜入区
(一)海运部分：
1、未经签发提单(装货单)之空货柜由船上卸岸进储港区货栈，货站经营人应自柜动库接收货柜清单，若查无讯息时，得依海关书面核准之普通卸货准单、特别准单及进口空货柜清单，派员开柜检查确系空货柜后进储。
2、港区事业拆柜提货后缴回进储港区货栈之空货柜亦应派员开柜检查后进储。
3、空货柜进栈后，置放于空柜区，惟其储位以计算机控管并提供海关在线查核，经海关核准不分区存放者，不在此限。
4、货主(港区事业)进口空货柜(ＳＯＣ)应与一般空货柜分区存放，并依进口货物处理，非经报关放行，不得提领出区。
(二)空运部分：航空空货柜由保税卡车运至航空货物集散站内进出口货栈或机场交接区时，应由货栈专责人员核对「货柜(物)运送单」无讹及检查确系空货柜后进储，并于「货柜(物)运送单」二联签章。一联按序归档备核，另一联密封退回起运地专责人员销案。
二、空货柜出区
(一)海运部分：
1、提领空货柜出区装船，由运输业者向海关稽查(仓库)单位申请核发特别准单，交由港区货栈专责人员凭以签发装船用出口「空货柜清单」。
2、空货柜出站装船时，由计算机打印「货柜(物)运送单(兼出进站放行准单)」经专责人员签章放行，海关可由在线查核、阅览空货柜出站资料。
3、货主(港区事业)进口空货柜应依规定列入舱单并向海关办理通关放行手续后，方可出区出口。
4、一般空货柜提领出区(货主领柜装货)，货柜集散站开具空货柜之「货柜(物)运送单(兼出进站放行准单)」由专责人员签章后，交港区门哨警卫检查确系空柜无讹放行出站。
5、港区门哨：警卫室设计算机联机控管，大门警卫应核对货柜之标志、号码与「货柜(物)运送单(兼出进站放行准单)」、电脑文件资料相符并检查确系空货柜后始准放行出站，并于「货柜(物)运送单(兼出进站放行准单)」出站联签证备查。
(二)空运(航空货柜)部分：
航空货物集散站内之进出口货栈业者，于航空货运专用空货柜以保税卡车运出空运货栈交接区(装车)前，应先填具「出站(仓)空货柜清单」(应编列序号)，填列空货柜标志、号码、数量交专责人员掣制「货柜(物)运送单」办理出区手续。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：二十一、货物通关、帐务处理及货物控管之计算机数据储存作业
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第二十一款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管
作业要点：
一、货物通关
(一)依本条例第十七条向海关通报或通关，自由港区事业应以计算机连或电子数据传输方式向海关为之。
(二)依本条例第十八条规定，自由港区事业应实施货物控管、计算机联机通关及帐务处理作业之货物自主管理。并依同条第三项规定对自由港区事业之货物控管，分别按货物流通作业性质，办理电子数据传输、数据保管、货物之进储、提领与异动之通报及其它与货物控管相关之自主管理事宜。
二、帐务处理
(一)使用中计算机帐务数据及文件，于区内维护、保存，俾供海关或管理机关实时查核。
(二)已结案之计算机帐务数据及文件，依规定保存期限于区内保存，必要时提供海关或管理机关查核。
(三)原始数据为电子纪录者，可以电子数据方式保存，书面文件以书面保存，使用中各项计算机帐务数据及文件，与结案之计算机帐务数据及文件，须予区分。
三、货物控管
自由港区事业及港区货栈对货柜(物)之进储、提领、存放位置、异动及进出厂(场)区，设有一套完整之计算机控管作业，可供在线实时查核。相关计算机纪录保存五年，单证保管三年
(一)港区货栈应由柜动库接收准单及货柜清单讯息，凭以卸柜进储。
(二)港区货栈经营人应于货柜卸船、出站、进站及进储等各阶段作业完毕，以电子数据传输办理货柜卸船、出站、进站及进储登录作业。
(三)相关货柜动态讯息之传输、作业方式传输之动态讯息内容等，应依「进口货柜动态查核系统作业规定」、「仓储业者货柜动态管理作业规定」等相关规定办理。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：二十二、违规、违章、异常案件之报告
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第二十二款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管
作业要点：
一、遇有下列情事应即通报海关：
(一)货柜(物)失窃、掉包者。
(二)封条破损、断失、有伪造变造之嫌及封条号码与货柜(物)运送单兼出进站放行准单(以下简称：运送单)所载不符者。
(三)运送单经涂改者。
(四)发现货柜(物)有夹藏或夹层者。
(五)货柜(物)逾时进区或逾时未进区者。
(六)发现进出仓货物与原申报之货名不符者。
(七)发现不得进储之货物。
(八)存仓货物遭受水灾、风灾、火灾或其它天然灾害而致损毁者。
(九)存仓货物查核或盘点，发现与账面结存数不符者。
(十)其它违规、违章及异常情形。
协调单位：港区管理机关、海关
项目：二十三、其它应遵行事项
作业单位：港区货栈、港区事业
法令依据：自由贸易港区设置管理条例第十八条；自由贸易港区货物通关管理办法第三条、第四条第二十三款；自由贸易港区通关作业手册第四章货物控管
作业要点：
一、管理存储逾二年营运货物
(一)储存逾二年之货物，系指自由港区事业、货栈供营运之货物，自货物通报进储之翌日起计，存储逾二年，或于区内重整、加工、制造完成，改变原货物料号、名称、规格、型号之成品货物，另行存仓之翌日起计逾二年，或自其它自由港区、保税区或课税区退运进区货物，依原进储日计逾二年者。进储逾二年之供营运货物，自行加强管理，退运自由港区之货物，须依原进储日登录核计进储期间。
(二)必要时打印「自由港区供营运货物存储逾二年货物清表」供海关查核。
二、其它自由贸易港区管理机关或海关规定应遵行事项。协调单位：港区管理机关、海关 。
