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根据第八届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，保留司法部。按照“精简、统一、效能”的原则，结合司法部的实际情况，确定其职能配置、内设机构和人员编制方案。
一、职能转变
司法部担负执行刑罚、管理劳动教养、法律服务和法制宣传教育等司法行政任务。
强化的职能主要有：研究制订司法行政工作的发展战略、规划和方针、政策、法规，宏观管理全社会法律服务事业，指导行政机关、企事业单位法律顾问工作，研究司法领域人权问题，组织和指导全国法学教育和普法宣传工作等。
转移或下放的职能主要有：减少具体事务性工作，将劳改劳教单位基本建设项目的论证、评估、审查工作和公证员、律师资格考试前期准备工作等，转移到有关事业单位；减少部直接管理干部的数量，不再直接管理企事业单位的具体事务。
二、主要职责
司法部是国务院主管全国司法行政工作的职能部门，主要职责是：
(一)制订司法行政工作的方针、政策、法规，编制司法行政工作的中长期规划、年度计划并监督实施。
(二)监督和指导全国监狱执行刑罚、改造罪犯的工作，管理部直属监狱。
(三)监督和指导全国的劳动教养工作。
(四)制度全国法制宣传教育和普及法律常识规划并组织实施，指导各地区、各行业的依法治理工作，指导对外法制宣传工作。
(五)监督和指导全国的律师工作和法律顾问工作，综合管理社会法律服务机构和在华设立的外国(境外)律师机构。
(六)监督和指导全国公证机构和公证业务活动，负责委托港澳地区公证律师办理公证事务。
(七)指导全国的人民调解和司法助理员工作。
(八)管理部直属的高等政法院校，指导全国的中等、高等法学教育工作和法学理论研究工作。
(九)组织参加联合国有关预防犯罪领域的会议和活动，承办联合国有关对口部门的往来业务，组织参加国际有关人权问题的法律研讨和交流活动，开展政府间的法律交流与合作。
(十)参加与外国签订司法协助协定的谈判，负责国际司法协助协定执行的有关事宜。
(十一)参与国家立法工作，参与制订有关港澳台地区的法规，组织司法领域人权问题研究。
(十二)监督大型监狱、劳动教养场所国有资产的保值增值，管理直属单位的国有资产。
(十三)指导全国司法行政系统的队伍建设和思想政治工作，协助省、自治区、直辖市管理司法厅(局)领导干部。
三、内设机构
根据上述职责，司法部设12个职能司局和政治部(含两个司局级机构和机关党委工作机构)。
(一)办公厅
负责部机关重大政务活动的组织实施和检查落实，协助部领导组织机关日常工作，协调各司局间的工作关系，负责综合性文件、报告的起草。研究制订司法行政工作发展战略和中长期规划、年度计划，负责政务信息、新闻发布、文秘、信访、统计、档案管理、机关保卫等工作。
(二)监狱管理局
指导全国监狱执行刑罚和狱政管理工作，监督检查国家监管改造罪犯的法律、法规和政策的执行情况，规划全国监狱的布局，掌握重要罪犯和省际之间的调犯工作，指导对罪犯的教育和改造工作，组织司法领域人权问题的研究，指导全国监狱的生产、基建、装备、财务和工人管理工作并监督其国有资产的保值增值，管理部直属监狱。
(三)劳动教养工作管理局
指导全国的劳动教养工作，监督检查国家劳动教养法律、法规和政策的执行情况，指导对劳教人员的管理、教育、警戒等工作，规划全国劳教场所的布局，指导劳教生产、基建、财务、装备工作。
(四)法学教育司
组织制订全国法学教育的具体政策和规章制度，制定法学教育和在职政法干部、企业法律顾问培训规划并组织实施，管理和指导部直属高等政法院校，对全国高、中等法律院校及成人法律院校的法学教育工作进行业务指导。
(五)法制宣传司
负责全国的法制宣传教育工作，组织实施在全体公民中开展普及法律常识教育的工作，指导各地区、各行业的依法治理工作，指导对外法制宣传工作。
(六)律师司
监督、指导全国的律师工作和行政机关、企事业单位的法律顾问工作，综合管理社会法律咨询服务机构和在华设立的外国(境外)律师机构。
(七)公证司
指导、监督全国公证机构的公证业务活动，负责委托港澳地区公证律师办理公证事务，开展与外国和港澳台地区公证组织、人员的业务交流与合作，指导和监督中国收养组织的工作。
(八)基层工作司
指导全国司法助理员工作及有关基层司法行政工作，指导人民调解和基层法律服务工作，研究制订有关政策、法规并检查贯彻执行情况。
(九)外事司
组织参加联合国预防犯罪和刑事司法领域的会议和活动，承办联合国有关对口部门的往来业务，组织参加有关司法、法学领域的多边或双边活动，研究各国的司法制度和司法实践。
(十)司法协助局
参加与外国签订各种有关司法协助条约的谈判，归口管理司法协助协定的执行事宜，组织对外国法律的研究。
(十一)法制司
组织协调起草司法行政法律、法规和规章，对有关法律、法规草案提出意见，指导地方司法行政机关法制建设和行政复议、应诉工作，组织有关法律、政策调研工作，进行港澳台地区法律问题研究，负责涉台法律事务。
(十二)计财司
管理部和直属单位的行政和事业经费，管理部机关和直属单位的国有资产及基本建设投资，宏观管理全国司法行政系统的装备和劳改劳教基本建设投资。
(十三)政治部(含两个司局级机构和机关党委工作机构)
指导全国司法行政系统的思想政治工作和党的建设，管理部机关和直属单位的人事工作，协助有关部门管理司法行政系统的编制工作，协助省、自治区、直辖市管理司法厅(局)领导干部，管理全国司法行政系统的警务工作。
四、人员编制和领导职数
司法部机关行政编制为417名。其中，部长1名，副部长4名；司局级领导职数45名(含政治部司局级领导职数)。
纪检、监察、审计等派驻机构和后勤、老干部服务机构及编制，按有关规定另行核定。
