如果停征烟叶特产税，将会带来以下一系列问题：

　　问题1：烟叶产区的地方财政特别是县乡财政收入将受到较大影响。

　　按照现行财政体制，烟叶特产税收入全部划归县乡财政。云南省2004年烟叶特产税入库15.94亿元，占乡镇一般预算收入的30.55%;在95个产烟县中，有15个县的烟叶特产税收入占一般预算收入的40%以上，占30%至40%的县有20个，占15%至30%的县有60个;在乡镇一级，所占比重普遍在50%以上。贵州2005年烟叶特产税入库6.67亿元，在65个产烟县(市)中，有31个县(市)的烟叶特产税收入占财政收入的10%以上，其中10个县(市)比例在25%以上。其他烟叶主产区的情况也类似。因此，停止征收烟叶特产税，会在一定程度上加剧烟叶产区地方财政特别是县乡财政的困难。

　　问题2：不利于烟叶产区县乡经济和公共事业的发展，影响当地农民增收和“三农”政策的落实。

　　停征烟叶特产税将直接减少烟叶产区的财政收入，对当地基层政府的正常运转和各项公共事业的发展产生一定的负面影响。我国的烟叶产区多数集中在西部和边远地区，受地理、交通等因素制约，不可能在短时期内走上快速的工业发展之路，当地经济、公共事业的发展和农民增收，基本上都要依靠地方政府的投入和推动。烤烟生产对发展地方经济和增加农民收入发挥了重要作用，目前烟叶主产区的农民增收很大程度上依靠发展烤烟。如果政府扶持烤烟生产的积极性受挫，除当地经济发展要受到影响外，也会直接或间接地影响农民增收，甚至影响这些地区“三农”政策的落实。

　　问题3：地方政府扶持发展烤烟的积极性受到影响，不利于卷烟工业的持续稳定发展。

　　长期以来，烟叶产区地方政府在确保烟叶种植等方面发挥了不可替代的作用，主要体现在：烟叶种植的统一区域规划、规模连片种植、合理轮作要靠政府去安排;基础设施建设投入包括规划、管理等要靠各级政府、财政的支持;各项支持烟叶种植的科技措施要靠地方政府来落实;烤烟收购必须依靠当地政府统一组织完成;遇到自然灾害，需要政府调动各种资源保证烟叶的产量等。烟叶特产税是调动地方政府扶持烟叶种植的重要影响因素。如果离开地方政府的引导和支持，仅靠烟农自发无序地种植烟叶，将难以保证烟叶的种植面积、产量和质量。而烟叶又是卷烟生产的主要原料，烟叶产量和质量的稳定直接影响着卷烟工业的持续稳定发展。