1、产生的原因不同

　　自然垄断的产生原因主要在于经济效率或者效益，而行政性垄断则是行政机关或者其授权的组织滥用行政权力所造成的;

　　2、法律性质不同

　　自然垄断由于它存在相当的积极性，大多数国家在立法上给予其豁免肯定它的合法地位。行政性垄断是我国经济体制转轨时期的特殊产物，其本质是借行政权力行市场行为，它违背了依法行政原则，因此是非法的;

　　3、影响不同

　　自然垄断往往带来效率经济增加社会总体福利，而行政性垄断则不仅容易导致行政腐败的出现，更会造成市场竞争机制的扭曲。