上诉人（原审原告）洛阳豫康源建设工程有限公司（原洛阳市房产建筑安装工程公司），住所地洛阳市西工区X路X号。
法定代表人郭某某，董事长。
委托代理人田兆民，该公司法律顾问。
委托代理人王某某。
上诉人（原审被告）洛阳市转业军官住房开发有限公司（原洛阳市转业军官住房开发总公司），住所地洛阳市涧西区X路X号中房大厦X楼。
法定代表人马某某，总经理。
委托代理人闫伟，河南大鑫律师事务所律师。
委托代理人白卡卡，河南大鑫律师事务所律师。
上诉人洛阳豫康源建设工程有限公司（以下简称豫康源公司）与上诉人洛阳市转业军官住房开发有限公司（以下简称军安公司）因建设工程施工合同纠纷一案，豫康源公司于2003年4月28日向洛阳市中级人民法院（以下简称原审法院）提起诉讼，请求：判决军安公司支付工程款x元；支付工程款违约金x.80元（违约之日到2003年4月8日）并按同期银行贷款利率支付2003年4月8日之后的违约金；支付逾期退还质保金利息x.5元及鉴定费x元。原审法院于2005年5月9日作出（2003）洛民初字第X号民事判决。双方均不服该判决，提起上诉，本院受理后于2005年12月2日作出（2005）豫法民一终字第X号民事裁定，以原审认定事实不清，处理不当为由，撤销原判，发回重审。原审法院经重审于2007年2月27日作出（2006）洛民初字第X号民事判决，豫康源公司和军安公司不服该判决，分别于2007年5月7日和10日提起上诉，本院于2007年7月11日受理后依法组成合议庭，于2007年8月20日和10月15日两次公开开庭审理，并于2008年6月3日、2009年3月17日、2009年3月24日、2009年5月7日进行调查，于2009年3月11日进行现场勘验。上诉人豫康源公司的委托代理人田兆民、王某某，被上诉人军安公司的委托代理人闫伟、白卡卡均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审法院查明：2000年6月6日，军安公司制作了《涧西军安住宅小区工程招标文件》，主要载明：1、工程内容：小区住宅楼X幢总建筑面积约8万平方米，单元式一梯二户住宅，结构形式砖混，地面以上七层，地下设储藏室一层。2、合同价款及付款方式：凡参加投标单位一律交纳质保金x元，中标后，按工程进度及质量情况分期退给承包方。工程没有预付款，主体二层封顶后，退质保金x元，三层封顶后退质保金x元，x元退完，付完成工程量的50%工程款，从主体第四层开始至封顶按工程进度完成总工程量的50%付款。装饰及安装工程款支付完成工程量的80%，剩余款项待交工验收后除应留保修金外，在一个月内全部结清。3、工程招标标底和投标报价编制依据为招标文件和设计施工图，土建及安装工程按现行《河南省建筑工程预算定额》和《河南省安装工程单位估价表》执行三类短途工程取费标准，配套工程定额执行四类短途工程取费标准。洛阳市房产建筑安装工程公司（以下简称建安公司）及军安公司在招标文件上签字盖章。同日，双方又签订补充协议，内容为：1、内部招标文件是双方在施工及结算时的主要依据，双方签字后各执一份，与建设工程施工合同有同等法律效力。2、如造成违约，违约方应承担相应的经济赔偿责任。3、建安公司交工程质保金，建设工程施工合同生效，按约定时间进行施工，如因军安公司原因造成工程延期开工，工期相应延续，军安公司并按银行同期贷款利息赔偿建安公司，如逾期超过一个月，军安公司应按双倍利息赔偿建安公司。若建安公司退出施工，军安公司无条件在三日内将建安公司的工程质保金如数返还。
2000年10月22日，建安公司制作了军安小区X#家属楼《土建工程预算书》、水暖煤气《安装工程预算书》及电照、电视、电话《安装工程预算书》进行工程投标。其中，《土建工程预算书》载明建筑面积为8498.8平方米，工程造价为x.67元；水、暖、煤气《安装工程预算书》载明工程造价为x.98元；电照、电视、电话《安装工程预算书》载明工程造价为x.14元。2000年10月27日，建安公司法定代表人刘四倍在其公司制作8#楼《土建工程预算书》封面上，将其投标总价调整为x.74元，其中土建：x.99元；电照：x.35元；给排水：x.84元；采暖：x.63元；煤气：x.93元。其后，建安公司对军安小区X#及5#楼进行了投标。2001年2月13日，军安公司通知建安公司，涧河军安住宅小区X#及5#楼由建安公司中标。
2001年3月1日，双方就涧河军安住宅小区X#、8#住宅楼签订了《建设工程施工合同文本》，主要内容为：工程名称为军官住宅小区X#、8#楼，建筑面积x平方米，砖混结构，六层（含地下室）。定于2001年2月25日开工，11月25日竣工，质量等级为市优良，工程造价为x元。提供图纸日期为2001年2月20日共四套。合同价款栏载明，对军安公司认可的签证及设计变更合同价款可作调整，其他不调。工程价款结算方式按招标文件付款方法执行。施工中发生设计变更，应向建安公司出具变更通知单，建安公司按通知要求进行变更，因变更发生的费用由军安公司承担，等等。本合同不详之处，另签补充协议，且具有同等法律效力。当日，双方就涧河军安住宅小区X＃楼又签订了《建设工程施工补充协议书》，约定的主要内容有：1、建筑面积：7962.68平方米，砖混结构，地面以上七层，地下一层，原设计坡屋面取消，改为平屋面。2、承包范围：按施工图所标的土建（不含桩基）、水、电、暖、燃气安装。铝合金门窗、铝合金阳台窗和单元电子式防盗门除外。3、承包方式：双方商定价加签证。4、工期时间：280天（从军安公司下达开工令之日起至建安公司将建筑设备工具清场撤出之日止）。5、工程造价：叁佰贰拾贰万贰千陆佰叁拾肆元（x元）整。6、工程质量：优良。7、奖惩方法：（1）达到优质工程每幢楼奖励建安公司x元，达到优良工程不奖也不罚，达不到优良工程罚款x元，并进行返工，费用自理，如非工程自身原因未被评上优良工程，军安公司不追究建安公司责任。（2）必须按工期完成施工任务，按时交验，否则每拖延一天罚款贰千元（2000元），至交验之日止，该罚款从工程款中扣除，如遇人力不可抗拒的因素造成工期延误，按相应时间顺延工期。10、付款方法：（1）主体二层封顶经验收后退还原质保金x元；（2）主体三层封顶经验收后退还原质保金x元，并再支付给建安公司完成主体工程造价的50％进度款；（3）主体第四层至七层封顶经验收后付给建安公司完成主体工程造价的50％的进度款（即一至三层付一次，四至五层付一次，六至七层付一次）；（5）竣工交验时付给建安公司工程款补够总造价的70％，剩余部分待交工验收后除应留2％保修金外，其余款结算审核手续办清后20天内全部结清。11、材料供应：钢筋、水泥由军安公司供应，材料款按商定标底价从应付建安公司工程进度款中扣除;(2)地方材料由建安公司自行选定，但必须经军安公司考察审验合格后方能使用；（3）其他材料由军安公司指定生产厂家及品牌，如军安公司指定品牌单价超出商定预算标底价，差额部分由军安公司补贴；4、该工程所需材料价格和数量按双方协商签订的八层（含地下一层）实际预算标底价和数量（按预算定额，以施工图纸所规定量和图纸变更增减量，钢筋、水泥以实际用量）作为施工及工程结算的依据；5、铝合金和单元电子防盗门由军安公司负责安排解决。12、其他事项：（1）本工程不发生停水停电等计时工费用；（2）施工用水、电按表计量，以现行价每月结付一次，建安公司要按时缴纳；（3）建筑垃圾由建安公司负责自行清除，费用自理；（4）铝合金安装需要建安公司配合时，由军安公司按实际安装的面积付给建安公司配合费（铝合金门窗每平方米6元、铝合金阳台窗每平方米5元），建安公司对铝合金安装施工质量有监督权并负责对铝合金门窗及阳台安装后至工程验收前的监护；（5）建安公司在签订施工合同前交工程质保金每幢x元，工程开工后按双方约定退还建安公司；（6）本补充协议与二○○一年三月一日双方签订的建设工程施工合同相应条款以本补充协议为准，该合同相应条款无效，如该合同其他条款本补充协议未涉及到的仍有效；（7）在施工期间建安公司要服从军安公司管理及协调，严格执行军安公司下达的各项规定及措施，否则将按程序给予经济处罚，如建安公司在评比验收时三次达不到施工质量要求，将撤销其施工资格，按要求撤场；（8）本补充协议一式肆份，双方各执两份，双方签字盖章生效，该补充协议和军安公司招标文件作为该工程项目双方执行的主要法律依据。协议签订后，建安公司对该X号楼工程按照双方的约定和施工中发生的设计变更等的要求进行了施工。
一、关于本案涉及工程的价款及设计变更和其他变更所涉及的工程价款。在第一次审理时，原审法院于2003年10月8日委托洛阳敬业会计师事务所有限公司对本案所涉8＃住宅楼建设施工工程的设计变更和签证项目的造价进行了鉴定，并出具了洛敬鉴字（2004）第X号司法鉴定书。鉴定依据是建设施工合同及建设工程施工补充协议书、施工图纸及竣工图纸、工程变更通知单及签证、工程预算书，是以地上七层加变更、签证为基础进行鉴定的。该鉴定书载明：1、鉴定结论，共有两种结论：（1）军安小区X＃住宅楼建设施工工程的设计变更和签证项目（含设计部门出具设计变更手续的变更及军安公司出具变更通知单的变更）的工程造价为-x.18元。其中土建增加x.22元、土建减少-x.19元、室外工程x.56元，土建小计-x.41元。电气工程-x.02元、给排水9188.32元、采暖工程5771.85元、煤气工程-x.92元，安装小计-x.77元，合计-x.18元。（2）军安小区X＃住宅楼建设施工工程的设计变更和签证项目（只计算设计部门出具变更手续及军安公司签证，不含军安公司出具变更通知单的变更）的工程造价为x.02元。其中土建增加x.47元、土建减少-x.01元、室外工程x.56元，合计x.02元。2、有关说明：（1）对鉴定结论1的说明：建安公司认为只应计算设计部门出具设计变更手续的设计变更及签证部分，而对军安公司出具的变更通知单不予认可，因此，对此结论不予认可。军安公司对此鉴定范围认可;但认为鉴定结论少减x.14元，即第一种结论应为-x.32元，主要项目为部分“变更增加签证”造价金额x.44元，军安公司未见此部分签证单，不予认可；变更少减刷漆底子油一遍，门框扇运输及乳胶漆抹灰面满刮白水泥腻子两遍，造价金额少减4729.02元；变更多计算造价金额x.68元，即双坡屋面设计圈梁多计算7.44M3，现浇板多计算8.04M3，波纹瓦屋面20-33应调人工量，截桩1-219应扣除垂直机械费。对军安公司所提意见①其未见此部分签证单，建安公司向本所出示过；对军安公司所提意见②，由于军安公司未提供变更的依据，故不应扣减；对军安公司所提意见③，鉴定机构认为此分歧为军安公司与鉴定方对定额的不同理解。（2）对鉴定结论2的说明：军安公司认为不应只计算设计部门出具的设计变更手续的设计变更部分及签证，还应计算军安公司出具的变更通知部分，因此，对此结论不予认可。建安公司对此鉴定范围认可，但认为鉴定结论应为x元，主要项目为：①变更为坡屋面应增加造价款x元，不应扣除原半坡屋面及平屋面价款，原因是合同价款中不含，依据是2001年1月8日图纸会审纪要第33条“屋面图纸（设计院另出平面布置）”；②变更应增加36根构造柱造价金额x元，依据是2001年1月8日图纸会审纪要第25条“构造柱BC03平面布置与原投标图纸不一样，多出36根；按现在平面部署施工和计费”；③人工费应增加x元，依据是2001年1月12日军安公司《关于军安住宅小区招标文件几项内容修改的通知》第四条“第7页第八条2中土建不调人工费改为人工费按文件调整”；④其他一切签证费用为x元；⑤铝合金配合费为8700元；⑥凿桩费为x元；⑦试块等的试验费为5000元。对建安公司所提意见①，鉴定机构根据双方于2001年3月1日签订的施工补充协议书第三条注明“原设计坡屋面取消，改为平面屋”，则双方协议价款中原则上应含有平屋面造价，故应减平屋面造价；对建安公司所提意见②，军安公司提供的图纸含36根构造柱，建安公司第一次提供的图纸也含36根构造柱，建安公司第二次提供的图纸不含36根构造柱，双方所提供的图纸日期均为2000年8月，且建安公司中途已将未含36根构造柱的图纸拿走，鉴定机构未计算36根构造柱，若计算，36根构造柱应为x.87元；对建安公司所提意见③，鉴定机构认为通知于2001年1月12日下达，是对招标文件的修改，双方于2001年3月1日签订施工合同及补充协议，原则上应含在施工补充协议造价内，故不应增加；对建安公司所提意见④、⑤、⑥，鉴定机构已计算在结论中；对建安公司所提意见⑦由于建安公司未提供相关证据，故未计算。按照鉴定机构的两种鉴定结论，本案所涉工程的工程造价款有两个：一是补充协议确定价款x元，加上设计部门出具设计变更手续的变更及军安公司出具变更通知单的变更工程造价-x.18元，为x.82元；二是补充协议确定价款x元，加上设计部门出具设计变更手续的变更及军安公司签证，不含军安公司出具变更通知单的变更的工程造价x.02元，为x.02元。在庭审中，建安公司提出原一审的鉴定存在问题，主要是：①2003年11月19日，原审法院技术处给鉴定机构的通知中表述有“接民二庭通知”，该案委托不合法。②鉴定人员没有鉴定资格。因此，原一审的鉴定报告不能作为证据使用。经查，“接民二庭通知”的表述纯属笔误。鉴定机构及鉴定人员都有相应的资质。建安公司主张鉴定结论存在程序问题的意见没有事实根据。建安公司申请按照招标文件和双方签订的《建设工程施工合同文本》（不包括建设工程施工补充协议书）重新进行鉴定，经合议庭合议和庭务会研究认为，原审已有鉴定，且该鉴定程序合法，因此，建安公司的申请没有法律依据。同时，重新鉴定需要很长时间和几万元鉴定费，为减轻当事人负担，不应再重新鉴定。
二、从总工程款中应扣除军安公司所供材料及其他款项的数额。1、应扣军安公司所供材料款。双方争议的项目是：（1）军安公司提供2002年2月18日两张28吨425＃的水泥票据，建安公司认为同天不可能进两车56吨的水泥，水泥仓库也装不下。从2002年2月1日起所有水泥入库单上的签字是何有志，所以其中有童祥旺签名的入库单是假的。从入库单经手人宁春海（建安公司）的签名看，建安公司认可宁春海签名的真实性，所以2002年2月18日两张28吨的水泥入库单应当予以认定。⑵对于门板、暖气片、电线、陶瓷的单价，军安公司认为应当按合同进入价进行扣除。建安公司认为应当按照入库单的单价进行扣除。虽然建安公司预算进入价较高，但从入库单所显示的单价看，军安公司按照该单价向厂家支付价款，就不应向建安公司再加价。⑶对于水电费建安公司认为不应增加系数，应按水、电表的度数据实计算。从实际情况看，水、电的耗损是存在的，且建安公司已在水、电费划转单上签字，视为其对水、电费的认可，应当按划转单所载款额扣除。综上，应扣除军安公司所供材料价款数额为：x.22元。2、军安公司代表建安公司支付屋面防水工程款。建安公司认为其与洛阳松林防水厂（以下简称防水厂）签订的防水防潮工程合同，应由其与防水厂结算，防水厂开的收款收据也没有注明是收屋面材料工程款，防水厂提供的8＃楼屋面防水工程款全部结清的证据盖的是行政章不是财务章，不能作为结算工程款的证据使用。经查，建安公司与防水厂签订的防水防潮工程合同第四条约定，工程完工后，按实际工程量计算造价，经双方有关人员验收后，建安公司必须将结算款按时汇入防水厂帐户，否则，将由军安公司从工程款中扣除付给防水厂，由智达监理公司签章的《施工单位申请表（通用）》已确认8#楼的屋面工程面积为1238.4㎡,工程造价款为x.40元，并证明军安公司已全部结清了工程款，建安公司也没有提交其向防水厂支付防水款的证据。因此，军安公司提交的其为建安公司代付x.40元工程款的证据应予认定。3、军安公司代扣代缴税款的数额。2002年7月1日，洛阳市地方税务局涧西地税分局（以下简称地税分局）与军安公司签订了委托代征税款协议书，地税分局委托军安公司代征建筑安装的营业税和所得税，军安公司提供了计税金额为x元，纳税额为x.17元的完税凭证，注明纳税人为建安公司，按照《税法》及河南省的相关文件规定，建筑安装工程造价内的营业税、城市维护建设税及教育附加费的税率洛阳市市区为3.413%。建安公司认为，军安公司代缴税款x.17元，因其在军安公司承建5#、8#两栋楼，8#楼不应承担全部税款，建安公司也没提交其完税的凭证。纳税是义务，无论是自己交纳或是别人代扣代缴，都要履行纳税的义务。从本案所涉及的工程看，地税分局已委托军安公司代征，军安公司就应在支付建安公司工程款时扣缴税款，税款应由军安公司代为交纳，所需费用由建安公司承担。4、出入铜加工厂的过路费。建安公司认为，机动车出入证押金5000元不应扣，证据单上是押金5000元，不是欠款单据，军安公司有负责建安公司通行的义务，因为按照合同约定建安公司进入施工现场前应做到“三通一平”。从本案所涉房产所处的地理位置看，原来要在泰山路上通行，现为了方便施工要通过铜加工厂，为铜加工厂交纳费用是为了施工通行的方便。从军安公司提交的证据看，其他施工方都已承担了铜加工厂过路费，且建安公司8#楼项目经理王某某已给军安公司出具了借条，所以该5000元应当由建安公司承担。5、原一审的鉴定费，建安公司交纳了x元，军安公司交纳了x元。该费用用于案件的鉴定，应当按建安公司的意见由败诉方承担。6、垃圾清运费。2002年7月13日，军安公司和智达监理公司虽然作出了清运垃圾的费用从各施工单位工程决算中扣除的通知。但双方签订的补充协议第十二项第三条约定建筑垃圾由建安公司负责自行清除，费用自理。建安公司已提交了其建筑垃圾已被清运的相关证据。而军安公司没有提交建安公司垃圾未清运的确切证据。因此，对于军安公司要求扣除7962.68元垃圾费的证据无法认定。
三、军安公司已支付建安公司工程款的数额。军安公司已支付建安公司工程款x元（含应交纳的税金），双方对此没有异议。
四、军安公司的违约责任。2001年3月1日，双方签订的《建设工程施工补充协议书》第十条付款办法约定了支付工程价款的时间及数额。2001年7月16日，建安公司向智达监理公司递交《施工单位申请表（通用）》载明：根据双方签订建设工程施工补充协议书第十条，主体二层封顶，退还原质保金x元整，请按协议条款履行为盼。从建安公司提交的《已付8#楼工程款明细表》看，2001年12月18日付工程款x元，按照正常情况，建安公司提出付款申请，应当给军安公司一个准备的期限，该准备日期应当以20日为宜。即从2001年8月7日起至2001年12月27日，逾期应视为违约。军安公司应按照中国人民银行规定的商业银行贷款利率对逾期退还x元质保金承担违约责任。2002年元月24日，建安公司向智达监理公司递交的《施工单位申请表》载明：工程施工尾声，根据2001年3月1日补充协议总造价x元，参照执行暂付60%进度款为x元（壹佰玖拾肆万元整），请阅批为盼。智达监理公司签字为“进度属实，同意支付部分工程款”。军安公司工程管理部同意按进度拨付工程款，签字日期为2002年元月29日。以上可以看出，军安公司认可建安公司的工程进度并同意支付x元工程款，但该款应当包含军安公司垫付的材料款，从查明的事实看，当时的材料款约为x元。扣除已垫付的材料款，此时军安公司应支付的工程款为x元。按照20天的付款准备时间，军安公司应当在2002年2月19日支付完x元的工程进度款。军安公司在2002年元月28日之前，已支付建安公司工程进度款x元，少付x元。逾期付款应视为违约，从2002年2月20日起算至2002年3月6日，2002年3月7日又付x元，其违约金的计算方法同上。诉讼中，建安公司提出财产保全申请，原审法院作出了财产保全裁定，对军安公司的银行存款进行了冻结。
原审法院认为：一、关于合同的效力问题。应当认定双方于2001年3月1日签订的合同书及补充协议书有效。理由是：1、认定合同的效力必须依合同法的具体规定进行判断。根据合同法的规定，判断一个合同的效力，应从当事人的真实意思表示及该合同是否存在效力上的法律否定来判定。从本案当事人签订的两份合同看，都是当事人真实意思表示，而补充协议书应是对第一份合同内容的变更和补充，且补充合同也没有违背法律的禁止性规定及存在合同无效的其他情形。因而应以双方签订的两份合同约定的内容确定双方的权利义务。2、本案双方当事人签订补充协议书虽然有违招标法的规定，但不必然导致双方签订的补充协议书无效。招标投标仅仅是缔结合同的一个程序，中标仅仅是赋予了招投标双方要求与自己按照招标投标文件订立合同的权利，招标人与投标人之任何一方不得拒绝按照招投标文件与对方签订合同，否则便构成违约而需承担违约责任。至于招投标法规定的“招标人和中标人不得再订立背离合同内容的其他协议”（招投标法第四十六条），则应理解为招标人与投标人之任何一方不得在中标合同签订后，强求他方与自己签订与中标合同实质内容背离的协议。根据私权自治和契约自由的民法原理，除了某些特定的人身权利不可放弃之外，包括缔约权在内的民事权利都是可以放弃的，本案中建安公司也没有证据证明军安公司强迫其签订了补充协议书。同时，招投标法只是规范招投标行为的法律，是行政管理法律，违背招投标法的规定也只是导致被行政处罚，而不是导致私法行为的无效。招投标法第五十九条关于“招标人与投标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或是招标人、中标人订立背离实质性内容的协议，责令改正;并可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下罚款”的规定看，招标人与投标人订立背离中标合同实质内容的协议，法律后果也只是责令改正（是行政机关的责令）或处以罚款，而不是所签订的背离中标内容的合同无效。这一规定不仅体现了对当事人私权自治的尊重和缔约自由的尊重，也体现了政府维护招投标活动严肃的立场。3、建安公司所称的中标合同是双方于2001年3月1日签订的建设工程施工合同文本，但该合同是双方对军安住宅小区X#、8#住宅楼建设工程相关问题的具体约定，而不是单独对8#楼的约定，相对来说，双方签订的补充协议书是对8#楼相关问题的具体约定，条款内容更具体、更具有操作性，也更能反映当事人的真实意思。建安公司在2001年10月22日对8#楼作过土建安装及水电工程预算书，从载明的内容看建安公司对8#楼是X层是明知的。4、该案所涉及的补充协议书已经履行完毕。双方所签的补充协议书不仅对价款进行了变更，而且对建筑面积、工期都进行了变更。双方后来的行为（包括施工过程中建安公司要求军安公司支付工程进度款及有关材料的行为）也是对补充协议书的认可。因此，双方签订补充协议书是自愿的，不存在军安公司欺诈问题。如果认定补充协议书无效，那么双方重新约定的建筑面积是否有效质量标准是否有效这在实践中是讲不通的。5、最高人民法院《关于审理建筑工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》生效日期是2005年1月1日，本案在司法解释生效前立案，不能适用该司法解释。因此，建安公司要求依法确认双方于2001年3月1日签订的《建筑工程施工补充协议书》无效的诉请，缺乏法律依据和事实依据，不予支持。对军安公司认为补充合同有效的抗辩理由予以采纳。
二、关于军安公司拖欠建安公司工程款数额及逾期付款违约金的计算。本案中，军安公司欠建安公司工程款数额的计算。本案所涉工程按照双方于2001年3月1日签订的《建筑工程施工补充协议书》确认工程造价为x元，其设计变更和签证项目的工程造价应按鉴定报告的第一种结论（含设计部门出具设计变更手续的变更及军安公司出具变更通知单的变更）为-x.18元计算。理由是：（1）建安公司认为合同文本第24条设计变更中约定，施工中发生设计变更，应向建安公司发出变更通知单，建安公司按通知要求进行变更，因变更发生的费用由军安公司承担，所以变更中减少的工程量不应再扣减工程款。原审法院认为，这是对合同内容的误解，因为双方签订的建筑工程施工合同文本第18条合同价款的调整约定军安公司认可的签证及设计变更合同价款可作调整。（2）军安公司要求减少工程量，建安公司没有进行施工的项目仍要求军安公司支付价款不符合诚实信用和平等公平及等价有偿原则。所以军安小区X#楼减掉的工程量应当扣减相应的工程款。则8#楼的工程价款为x.82元，扣除军安公司所供材料款x.22元、房屋防水工程价款x.40元、已支付的工程款x元、机动车出入证费5000元，剩余工程款为x.20元，再扣除2%的保修金x.02元，军安公司应再支付建安公司工程款x.18元。
三、关于逾期支付工程款违约金问题。工程全部结束后，双方对工程量的结算长期存在争议，剩余工程款的数额一直没有确定，欠付工程款数额一直处于不明状态，因此建安公司要求军安公司从起诉之日支付工程款的利息没有事实和法律依据。对于建安公司请求确认双方2001年3月1日签订的《建设工程施工补充协议书》无效的请求，予以驳回，对其他请求部分予以支持。军安公司的部分抗辩理由成立，予以采纳。依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、一百零九条、二百八十六条之规定，原审法院判决：一、军安公司于判决生效后十五日内支付建安公司8#楼工程款x.18元。二、建安公司所建的军安小区X#楼工程所应交纳的营业税等税费按照法律规定由纳税义务人负担。三、军安公司于判决生效后十五日内支付建安公司x元的逾期付款违约金（违约金数额按中国人民银行规定的商业银行同期贷款利率从2001年8月7日计算至2001年12月27日）和x元的逾期付款违约金（违约金数额按中国人民银行规定的商业银行同期贷款利率从2002年2月20日计算至2002年3月7日）及x元的逾期付款违约金（违约金数额按中国人民银行规定的商业银行同期贷款利率从2002年3月7日计算至2002年5月27日）。四、驳回建安公司的其他诉讼请求。一审案件受理费x元、实际支出费用3471元、财产保全费7864元、鉴定费x元（除鉴定费中的x元由军安公司垫付外，其余为建安公司垫付），共计x元，由建安公司负担x元，其他由军安公司负担。
豫康源公司不服原审判决，向本院上诉称：1、本案于2005年12月2日发回重审，但豫康源公司直到2007年4月27日才收到一审判决，原审审理期限明显超出法定审限；原审判决书载明的时间是2006年2月27日，原审在2006年多次开庭审理是否存在先判后审。2、《建设工程施工合同文本》是本案工程经招标的中标合同，应作为结算工程价款的主要依据，根据《中华人民共和国招投标法》和最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的相关规定，《建筑工程施工补充协议书》应属无效合同，原审认定该协议有效错误。3、原审鉴定结论不当，不是按照原审法院委托时提出的鉴定方案作出的。军安公司的单方变更通知不属实，不应作为计算工程价款的依据。4、军安公司在合同履行期间存在违约和逾期返还质保金等行为，依法应承担违约责任和逾期支付的利息。综上，请求二审法院撤销原审判决，判决军安公司支付工程款x元及违约金x.8元，支付超期返还质保金利息x.5元，承担鉴定费x元及本案诉讼费。
军安公司不服原审判决，向本院上诉称：1、原审判决认定的工程款数额错误。原审判决将门板、暖气片、卫生陶瓷、电线四项按市场价认定计算违反了双方合同约定，共少扣减材料款x.18元。2、根据合同约定，清运垃圾是施工方的合同义务，军安公司为赶工期，统一安排清运垃圾，发生的垃圾清运费7962.68元应由施工方负担，原审未将该费用从工程款中扣除不当。3、军安公司作为建设工程税金的代扣代缴义务人，有义务从工程款中扣缴税金，原审仅判决本案税金由纳税义务人负担，没有明确应否扣除不当。请求二审依法改判。
根据双方当事人的诉辩意见，并经双方当事人同意，本院确定本案的争议焦点是：1、原审判决适用法律是否正确，2001年3月的补充合同是否有效，原审关于工程款数额的认定是否正确，税金应由谁负担。2、军安公司是否存在违约行为，应否承担违约责任。
二审查明事实与一审查明事实一致。另查明，1、豫康源公司在二审中放弃了关于原审程序违法的上诉请求。原审判决书落款时间存在笔误，应为2007年2月27日。
2、经洛阳市工商行政管理局核准，洛阳市房产建筑安装工程公司于2001年10月29日变更企业名称为洛阳房产建设工程有限公司，后又于2002年9月29日变更企业名称为洛阳豫康源建设工程有限公司。
3、2000年6月13日，建安公司交纳质保金x元。本案工程二层于2001年7月15日封顶，三层于2001年7月25日封顶。军安公司于2001年7月23日退质保金x元，2001年8月15日退质保金x元，2001年9月25日退质保金x元，2001年10月19日退质保金x元。
4、2005年2月19日，洛阳市敬业会计师事务所有限公司对鉴定报告中的部分项目单列如下：⑴设计变更应增双坡屋面工程价款为x.09元。⑵8#楼人工费调整价款为x.91元。⑶36根构造柱工程价款为x.87元。⑷按截桩1-221子目计算截桩工程价款为7394.23元。⑸室外按2:8灰土回填价款为1972.64元。⑹室外工程价款为x.56元。⑺主体、基础变更应增加工程价款为x.49元。⑻主体、基础变更应减少工程价款为x.31元。⑼预算外签证应增加工程价款为（含室外工程）x.94元。该所于2005年3月3日出具关于鉴定报告中的部分单列项目的补充说明一份，内容为“2005年3月2日接洛阳市中级人民法院毛法官电话通知，要求对‘鉴定报告中的部分单列项目’作如下说明：⑴关于第5条若含凿桩，造价应为x.49元。⑵如截桩按1-221子目计算，室外回填按2:8灰土计算，签证部分金额为x.4元”。
5、2004年12月13日，洛阳市敬业会计师事务所有限公司对双方就鉴定报告意见的答复载明：⑴设计变更中坡屋面的工程量已经包括在鉴定报告的鉴定造价中。⑵关于人工费调整，建安公司虽提供了2001年1月12日下达的“人工费调整的招标文件变更”，但双方于2001年3月1日签订的补偿协议，原则上协议价中应包含这部分造价，故不应增加。⑶室外回填2：8灰土部分已经包括在补偿协议条款中，另有变更签证所增加的室外回填，变更签证单上并没有注明是2:8灰土回填，经向现场监理咨询，此部分回填是素土回填。
本院针对二审焦点问题，分别评判如下：
1、关于双方2001年3月1日签订的《建设工程施工合同》及《建设工程施工补充协议》的效力问题。
本院认为，《建设工程施工合同》是双方当事人的真实意思表示，内容不违反法律、法规的禁止性规定，为有效合同。《建设工程施工补充协议书》是双方对本案诉争工程项目相关问题的具体约定，也是对双方原约定内容的完善和补充。补充协议条款对工程建筑面积、工期及价款进行了变更，使合同内容更为具体、具有可操作性，充分反映出当事人的真实意思，应属有效合同，且双方按照该补充协议已经实际履行完毕。所以，本案应以双方签订的两份合同约定的内容确定双方的权利义务。豫康源公司关于《建设工程施工补充协议书》违背其真实意思表示，是无效合同的上诉理由不能成立，本院不予支持。
2、关于原审法院委托鉴定机构所作的鉴定结论，即洛敬鉴字(2004)第X号鉴定报告应如何采信的问题。
本院认为，该鉴定报告共有两种计算方式和两种结论，分别是按照仅计算设计变更及签证变更，和既计算设计变更、签证变更又计算甲方出具变更通知单的变更两种方式。两种鉴定方式的主要差别是军安公司提交的甲方变更通知单应否采信的问题，本院认为，在一审诉讼期间，监理单位出具证明证实甲方通知变更单均已送达到该小区X栋楼的施工队；建安公司在原审中对军安公司变更通知单质证时，对多数通知单认可，仅对少数通知单有异议；本院在二审中就该部分变更通知是否实际发生进行了现场勘验，勘验结果为已实际发生。综合上述证据，原审判决采信第二种鉴定结论作为定案依据并无不当。
关于36根构造柱的问题。2001年元月8日双方的图纸会审第25条载明，构造柱的平面布置与原投标图纸平面布置不一样，多出36根。豫康源公司据此主张应增加该36根构造柱的造价。鉴定机构以建安公司在第一次提交的图纸中有该争议的36根构造柱，而未在鉴定结论中计算该36根构造柱的价值欠妥。根据鉴定机构2005年2月19日就鉴定报告中部分项目的单列说明，应增加计算该36根构造柱的价值x.87元。
关于回填土的问题。军安公司2000年10月7日图纸答疑第一条载明“室外回填是2：8灰土”。但鉴定机构仅依据对监理的咨询就认为是素土回填，并按素土计算造价依据不足，故应增加灰土回填部分的工程造价。按照鉴定机构2005年3月3日的补充说明，灰土回填造价应为x.17元（x.4元-7394.23元）。
3、关于应扣材料款应当如何认定的问题。
本院认为，双方争议项目的主要差异是应扣材料款是按照预算标底价进行扣除，还是应按照入库单所显示的实际购买价进行扣除。虽然双方在《建设工程施工补充协议书》第十一条约定，材料款按商定标底价从应付建安公司工程进度款中扣除。原审法院鉴于虽然建安公司预算进入价高于该入库单上载明的价格，但军安公司是按照入库单上的价格向厂家实际支付的材料款，且军安公司在供材上不应向建安公司再加价，而以入库单上的价格作为扣除材料款的依据是对双方利益的平衡，并无不当。军安公司关于少扣减材料款x.18元的上诉理由不能成立，不予支持。
4、关于垃圾清运费7962.68元应否从工程款中扣除的问题。
本院认为，双方在《建设工程施工补充协议书》第十二条第三项约定建筑垃圾由建安公司负责自行清除，费用自理。原审法院鉴于建安公司已提交了其建筑垃圾已被清运的相关证据，军安公司没有提交确切证据证明建安公司未清运垃圾，而认为军安公司要求扣除7962.68元垃圾费的主张不能成立，符合证据审查认证规则的相关规定。军安公司关于应扣除垃圾清运费的上诉理由不能成立。
5、关于工程款中应否扣除税金的问题。
本院认为，军安公司主张应从工程款中扣除x.17元的税金。但建安公司抗辩称，因其在军安公司中标5#、8#两栋楼，该税金不是8#楼的应缴税金，不应从本案工程款中扣除。原审法院鉴于双方由于对本案工程款数额有争议而引起诉讼，在判决生效前工程款数额并不明确，且军安公司没有举出确切证据证明该部分税金是8#楼的应交税金，而未在工程款中扣除并无不当。
6、关于军安公司是否存在违约行为，原审判决违约金是否正确的问题。
本院认为，双方签订的《建设工程施工补充协议书》第十条付款办法约定了支付工程价款的时间及数额。（1）在主体二层封顶后，建安公司于2001年7月16日依据协议约定，请求军安公司退还质保金x元时，军安公司没有按照约定及时退回质保金，建安公司要求军安公司承担逾期退回质保金的违约责任，应予支持。鉴于双方在补充协议中约定，对于质保金利息损失的计算标准为银行同期贷款利息。故对于军安公司逾期退还质保金应承担违约金的计算方法为，以军安公司逾期退还质保金的数额和时间为基数，按照中国人民银行规定的同期贷款利率标准分段计算。原审判决关于军安公司逾期退还质保金部分的认定和处理不当，本院予以纠正。（2）2002年元月24日，建安公司依据协议约定请求支付工程进度款，军安公司工程管理部于2002年元月29日签字同意按进度拨付工程款，但仍少付x元，后虽又于2002年3月7日付x元，但仍未能足额支付，原审法院据此认为军安公司存在违约并无不当，判决其承担逾期付款期间的违约责任正确。但原审判决以中国人民银行规定的商业银行贷款利率作为计算违约金的标准欠妥，应按照中国人民银行规定的同期逾期贷款利率标准分段计算为宜。鉴于军安公司没有依据约定及时足额支付工程进度款，故在计算逾期支付部分的违约金时，不应再预留20日的付款准备期。
另外，鉴于本案工程已经竣工交付多年，故原审在计算工程款数额时仍扣除2%保修金欠妥，应予纠正。
综上，本案工程竣工后，军安公司没有及时足额支付工程款，故对于欠付部分的工程款，应从建安公司起诉主张权利之日起，按照中国人民银行规定的同期逾期贷款利率标准计算利息，原审未予判决不当。原审判决依据双方胜败诉比例，决定本案鉴定费和一审诉讼费的负担亦无不当，应予维持。
综上，原审判决认定部分事实不清，实体处理部分不当，对不当部分本院予以纠正。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（一）、（三）项之规定，判决如下：
一、维持洛阳市中级人民法院（2006）洛民初字第X号民事判决第二、四项，即“二、洛阳市房产建筑安装工程公司所建的军安小区X#楼工程所应交纳的营业税等税费按照法律规定由纳税义务人负担。四、驳回洛阳市房产建筑安装工程公司的其他诉讼请求”。
二、撤销洛阳市中级人民法院（2006）洛民初字第X号民事判决第一、三项，即“一、洛阳市转业军官住房开发有限公司于判决生效后十五日内支付洛阳市房产建筑安装工程公司8#楼工程款x.18元。三、洛阳市转业军官住房开发有限公司于判决生效后十五日内支付洛阳市房产建筑安装工程公司x元的逾期付款违约金（违约金数额按中国人民银行规定的商业银行同期贷款利率从2001年8月7日计算至2001年12月27日）和x元的逾期付款违约金（违约金数额按中国人民银行规定的商业银行同期贷款利率从2002年2月20日计算至2002年3月7日）及x元的逾期付款违约金（违约金数额按中国人民银行规定的商业银行同期贷款利率从2002年3月7日计算至2002年5月27日）”。
三、洛阳市转业军官住房开发有限公司于本判决生效后十五日内支付洛阳豫康源建设工程有限公司工程款x.22元及逾期付款期间的违约金（自2003年4月28日起，按中国人民银行规定的同期逾期贷款利率计算至履行完毕之日止）。
四、洛阳市转业军官住房开发有限公司于本判决生效后十五日内支付洛阳豫康源建设工程有限公司逾期退还质保金期间的违约金（从2001年7月16日至7月23日以x元为基数；2001年7月24日至7月25日以x元为基数；2001年7月26日至8月15日以x元为基数；2001年8月16日至9月25日以x元为基数；2001年9月26日至10月19日以x元为基数；以上均按中国人民银行规定的同期贷款利率标准计算），及逾期支付工程进度款违约金（从2002年1月30日至2002年3月7日以x元为基数；2002年3月8日至2002年5月27日以x元为基数；按照中国人民银行规定的同期逾期贷款利率标准计算）。
五、洛阳市转业军官住房开发有限公司于本判决生效后十五日内返还洛阳豫康源建设工程有限公司保修金x.02元
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审各项诉讼费用按原判决执行。二审案件受理费x元，由洛阳豫康源建设工程有限公司负担6354元，洛阳市转业军官住房开发有限公司负担x元。
本判决为终审判决。
审判长周会斌
审判员李红
代理审判员张黎东
二○○九年五月二十四日
书记员张天艳
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