本罪与分裂国家罪、武栽装叛乱、暴乱罪、颠覆国家政权罪等危害国家安全罪的界限。这些犯罪具有某些共同点，如都危害了国家利益，都必然会对国家的正常管理活动造成干扰和破坏；在行为方式、行为指向上有一些交叉；主体都是一般主体；主观方面都是出自故意。这些犯罪之间的区别点在于：（1）犯罪的直接客体不同。前者侵害的主要客体是国家的正常管理活动；后者则是国家安全。（2）犯罪的客观方面不同。首先在行为指向上，前者的行为指向往往具有特定性，即是某个具体的正在依法执行公务的国家机关工作人员或红十字会工作人员；后者的行为指向则是整个国家政权，就具体的侵害对象而言，通常具有随机性和不确定性，在犯罪方法上，前者通常必须以暴力、威胁方法实施；后者则不限于此，以和平演变等方式危害国家政权、破坏国家统一的，也构成犯罪（武装叛乱、暴乱罪除外）。最后，罪的危害结果看，前者系刑法理论中的抽象危险犯或实害犯，对于后一情形，必须以造成实际危害后果且达到严重之程度为必要；后者则系，一经实施即达既遂，并不要求发生现实的危害结果，不需要考察行为是否已引致危害国家安全的危险。(3)犯罪主体不同。二者虽都可由任何具备刑事责任能力的自然人构成，但在实践中，后者的主体特别是其中的首要分子多是那些窃据国家要职位，具有较大政治影响力的人；而前者的主体多见为普通公民。(4)犯罪的主观方面不同。这是二者最本质、最关键的区别。前者在主观方面既可以表现为直接故意也可以表现间接故意，行为人通常有妨害公务执行的目的，但不限于此；后者则只能出自直接故意，且行为人必须具有危害国家安全的目的。在实践中，会遇有危害国家安全的犯罪分子以暴力、威胁方法妨害、抗拒国家机关工作人员或红十字会工作人员依法执行公务的情形，这是妨害公务罪与分裂国家罪、武装叛乱、乱罪、颠覆国家政权等罪的法规竞合犯，对之应按法规竞合犯的律适用规则，重法优于轻法，以后者论处。
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