违法所得没收程序具有溯及既往的效力。2013年1月1日以前犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡的，可以适用违法所得没收程序。从原理分析，违法所得没收程序适用没有时效期限限制，但因目前相关诉讼配套制度尚不完善，对于犯罪嫌疑人逃匿案件宜以犯罪嫌疑人实施犯罪的追诉时效为期限限制；对于被告人逃匿，犯罪嫌疑人、被告人死亡案件，违法所得没收程序适用不受追诉时效期限限制。以下分而论之。
一、违法所得没收程序具有溯及既往的效力
犯罪嫌疑人、被告人虽然于2013年1月1日前逃匿、死亡，但其违法所得的不法状态依然继续存在，故对违法所得的没收不受刑事诉讼法实施时间的限制。刑法理论中有一种继续犯和状态犯的分类。继续犯是指行为人实施犯罪已经既遂，但其犯罪行为在长时间内处于持续状态。其特点是，犯罪既遂后至行为终了前，既有犯罪行为的继续，也有不法状态的继续。例如行为人非法拘禁他人构成犯罪既遂后，其拘禁行为仍在继续，剥夺他人人身自由的不法状态也同时继续。状态犯是指犯罪行为既遂后，犯罪行为随之终了，但基于该犯罪行为所产生的不法状态仍继续存在。例如，行为人贪污公款后，犯罪既遂，贪污行为终了，但其非法占有公共财物的不法状态继续存在。同理推之，犯罪嫌疑人、被告人虽然在修正后的刑事诉讼法实施前已逃匿、死亡，但其实施犯罪的违法所得依然继续处于不法状态。违法所得没收程序不是对人程序，而是对物程序，只要违法所得继续处于不法状态，且持续到修正后的刑事诉讼法实施期间，就可以适用违法所得没收程序。基于上述同种理由，加上违法所得没收程序不涉及对犯罪嫌疑人、被告人刑事责任的追究，不属于对犯罪嫌疑人、被告人人身权利、合法财产权利的剥夺、限制，故对违法所得的没收、返还被害人合法财产不受上诉不加刑原则的限制。如果一审法院未判决没收违法所得、返还被害人合法财产，即使检察机关未抗诉，二审法院也可以增加没收违法所得、返还被害人合法财产的判决主项。
违法所得没收程序是与刑法第六十四条实体规定基本对应的特别程序，适用程序从新的一般效力原则。根据刑事诉讼法第二百八十条的规定，适用违法所得没收程序本质上是对依照刑法规定应当追缴违法所得及其他涉案财产的一种特别程序。此处的所谓“依照刑法规定”，是指依照刑法第六十四条的规定，即“对犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。”除了未规定责令退赔，刑事诉讼法增设的违法所得没收程序与刑法第六十四条的规定在适用旨趣上基本对应。刑法第六十四条是针对违法所得及其他涉案财产的专门处理规定，从立法技术分析，该规定的适用范围并非仅限于犯罪嫌疑人、被告人到案情形。换言之，刑事诉讼法增设违法所得没收程序并非增加了实体规定，而是增设了适用实体规定的程序。对于犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件，刑事诉讼法增设违法所得没收程序前，无法通过诉讼程序适用刑法第六十四条的实体规定；刑事诉讼法增设违法所得没收程序后，可以通过诉讼程序适用刑法第六十四条的实体规定。对于实体规定，法律效力一般适用从旧兼从轻原则，而对于程序规定，法律效力一般适用从新原则。法不溯及既往是法治国家的标志之一,而程序从新原则是法谚“实体从旧、程序从新”的具体体现。现代意义上的程序不仅指司法程序,还包括立法程序、行政程序和其他法律程序。因此，在确定违法所得没收程序是适用刑法第六十四条特别程序的前提下，对犯罪嫌疑人、被告人于2013年1月1日前逃匿、死亡的案件适用违法所得程序，是贯彻程序从新原则的具体体现。
从立法背景分析违法所得没收程序的适用范围包括刑事诉讼法实施前犯罪嫌疑人、被告人已逃匿、死亡情形。随着反腐败斗争的深入推进，大量犯罪嫌疑人、被告人被查出携带巨额赃款赃物外逃。为减少存量，遏制增量，解决传统刑事诉讼中缺席审判问题，通过案件审理及时对外逃人员的违法所得及其他涉案财产依法进行处理，促使外逃人员回国投案，立法机关在2012年刑事诉讼法修正时增设了违法所得没收程序。可见，从立法背景分析，违法所得没收程序的适用范围包括刑事诉讼法实施前犯罪嫌疑人、被告人已外逃、死亡的情形。如果违法所得没收程序仅适用于2013年1月1日以后犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡情形，那么意味着对2013年1月1日以前犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡的情形放任不管，那就无从实现减少外逃人员存量，无从通过追赃促使外逃人员回国投案。综合上述三点，我们认为，违法所得没收程序具有溯及既往的效力。
二、违法所得没收程序原理上不存在时效问题，但从操作技术上宜区分处理原则
从原理分析，违法所得没收程序是基于所有权弹性原理而衍生的恢复性司法程序，不存在时效问题。犯罪嫌疑人、被告人通过实施犯罪产生的违法所得，特别是贪污罪、电信诈骗、网络诈骗犯罪，所贪污、诈骗的财物所有权归属于被害人，有的情况下归属于国家。这种财物所有权的归属不会随着时间的推移而变化。物权理论来源于罗马法。罗马人将物权关系仅视为一种人与物的关系，并由此来构建他们的物权体系。学理上将所有权定义为“（人）对物最一般的实际主宰或潜在（in potenza）主宰”，所有权的一些最基本的权利（如对物处分权、转让权、请求返还权）都可因某些关系（如对转让和索还的禁止，地役权、用益权、永佃权等等）被从所有主那里剥夺，但是所有权仍保持其完整性，这种完整性是基于“所有权的弹性”原理来构建的。刑事诉讼法第二百八十二条规定：“对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定没收。”“依法返还被害人”即是基于所有权的弹性原理，认定违法所得属于被害人所有，恢复犯罪前的财物所有权状态；“裁定没收”即是不让犯罪嫌疑人、被告人通过实施犯罪获得任何收益，恢复犯罪前的状态。这种适用结果不存在对犯罪嫌疑人、被告人人身和合法财产权利的剥夺、限制，与追究刑事责任本质不同，故不存在时效的问题。
从操作技术分析，对于犯罪嫌疑人逃匿情形违法所得没收程序宜以其实施犯罪的追诉时效期限为限制。基于原理分析，无论犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡多少年，只要依照刑法规定应当追缴违法所得，就可以适用违法所得没收程序。然而，现行刑事诉讼法对犯罪嫌疑人实施犯罪超过追诉时效的情形缺乏相关规定。2017年1月5日“两高”出台的《关于适用犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序若干问题的规定》考虑到在超过追诉时效案件中，犯罪嫌疑人可能到案参加庭审，对违法所得没收程序适用的一般规则造成较大冲击，故未将超过追诉时效的犯罪嫌疑人逃匿案件纳入违法所得没收程序适用范围。当然，对于依照刑法第八十八条的规定，不受追诉时效期限限制的，违法所得没收程序亦不受追诉时效期限的限制。值得注意的是，对于被告人逃匿案件，由于人民法院在被告人逃匿前已经立案受理，属于不受追诉时效期限限制情形，故违法所得没收程序亦不受追诉时效期限的限制。对于犯罪嫌疑人、被告人死亡案件，由于不存在犯罪嫌疑人、被告人到案参加庭审情形，从操作技术上不会遇到法律障碍，故违法所得没收程序亦不受追诉时效期限的限制。
最后，有必要说明的是，犯罪嫌疑人逃匿、死亡案件原理上均不受追诉时效期限限制，但实践中前者受追诉时效期限限制，而后者不受限制，这种不平衡皆因操作技术原因所致，亟须立法机关出台相应法律规定加以解决，以推进违法所得没收程序不断规范、完善。
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