周六加班费仲裁

您好：
    我签订的合同是“标准工作时”，自从入职后公司一直让周六上班，且在最近居然让倒班，一月20个班，每班12个小时，一个月就是240个小时，多上64个小时，但是在考勤纪律上只显示一个月出勤20天。我准备辞职，但是据说办理辞职手续的时候需要签署“自愿放弃加班费且和公司无任何劳动纠纷”的协议，要不然不予办理“离职证明”，这样会影响到我无法提取公积金。
    我有部分月份考勤表的电子档，但无领导签字，我是否需要自己做一份考勤表，作为我申请加班费具体数目的依据；以及倒班时 分班安排的名单，明确说明分三班，但未写明每班12个小时（此项是否可以作为我申请倒班加班费的证据）；刚入职三个月的工资条（未盖章，且自此以后公司不再发放工资条）；工资银行流水；合同；
   请问我具有这些材料，可以作为证据提交吗？还需要我准备什么证据？   
   我是在职申请仲裁，还是离职申请仲裁？离职手续肯定办不完，因为公司会让我签署“自愿放弃加班费的协议”，我应不应该签署这个协议？可否签署完，拿到离职证明，再去申请加班费的仲裁？若不签署，是否会影响到我“离职证明”及“保险关系迁移”及“当月工资的发放”（下个月15号发工资），请问我是否可以在申请仲裁时主张公司发放加班费及离职证明，社保关系迁移，当月工资？
    且公司居然拿出一部分我的个人工资考核，如果实发工资少于合同上签署的基本工资，我是否可以申请要回少发我的工资？？同时，我是否可申请主张发放我提交辞职时至给我出具“离职证明”期间的工资？